紫甘蓝——抗氧化 紫甘蓝可帮助抗氧化.pdfVIP

— ４４— 江苏农业科学　２０１７年第４５卷第５期 叶　云，付军鹏，李予，等．紫檀芪处理对酿酒酵母基因组表达变化的影响［Ｊ］．江苏农业科学，２０１７，４５（５）：４４－４５． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１７．０５．０１１ 紫檀芪处理对酿酒酵母基因组表达变化的影响 叶　云，付军鹏，李予，钟英英 （广西科技大学生物与化学工程学院，广西柳州５４５００６） 　　摘要：紫檀芪是存在于葡萄等植物中的天然酚类化合物，具有极强的抗真菌活性。然而，目前关于紫檀芪对真菌 影响的分子机制仍是未知；因此，本研究以酿酒酵母为模型，比较紫檀芪处理和对照酿酒酵母中的基因表达谱，在基因 组水平上探讨紫檀芪对真菌细胞的影响。结果表明，经紫檀芪处理能使细胞应激反应、细胞透过性及跨膜运输等功能 的相关基因表达上调，而下调基因则与碱基代谢有关，并参与丝裂原活化蛋白激酶（ｍｉｔｏｇｅｎ－ａｃｔｉｖａｔｅｄｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ， 简称ＭＡＰＫ）信号通路调控导致细胞衰老、凋亡。这些基因表达的改变，可为探讨紫檀芪抑制真菌的分子机制提供一 定依据。 　　关键词：紫檀芪；基因芯片；酿酒酵母；差异基因；基因表达 　　中图分类号：Ｑ７８６　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１７）０５－００４４－０２ 　　紫檀芪（３，５－二甲氧基 －４′－羟基二苯乙烯）广泛存在 率 ＜０．０１。 于葡萄、广西血竭和蜂胶中，是目前研究较多的白藜芦醇天然 １．４　差异表达基因的功能富集及通路分析 ［１－３］ 衍生物 。紫檀芪的体外抗真菌特性比白藜芦醇高５～１０ 用 ＧＯＥＡＳＴ数据库 （ｈｔｔｐ：／／ｏｍｉｃｓｌａｂ．ｇｅｎｅｔｉｃｓ．ａｃ．ｃｎ／ ［４］ 倍 ，然而对其抗菌分子机制的相关研究相对较少。本研究 ＧＯＥＡＳＴ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ）和 ＤＡＶＩＤ（ｈｔｔｐ：／／ｄａｖｉｄ．ａｂｃｃ．ｎｃｉｆｃｒｆ． 分析紫檀芪作用酿酒酵母基因芯片数据，为了解白藜芦醇处 ｇｏｖ／）在线分析工具分别对上调和下调差异表达基因进行基 理对真菌基因表达变化的影响，以及为其抗真菌的分子机制 因功能注释，了解与这些差异表达基因相关的生物学功能，从 提供理论依据。 而探讨紫檀芪作用酿酒酵母的可能分子机制。同时，利用京 都基因与基因组百科全书数据库（Ｋｙｏｔｏｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆｇｅｎｅｓ １　材料与方法 ａｎｄｇｅｎｏｍｅｓ，简称ＫＥＧＧ）找到与这些差异表达基因相应的生 １．１　基因芯片数据 物学通路，以便为紫檀芪对酿酒酵母影响的分子机制提供 紫檀芪处理酿酒酵母Ｓ２８８Ｃ细胞基因表达谱 ＧＳＥ１０５５４ 思路。 来源于ＮＣＢＩ的基因表达数据库（ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｍｎｉｂｕｓ，简 ２　结果与分析 称ＧＥＯ），本研究采用了３个经紫檀芪处理的酿酒酵母Ｓ２８８Ｃ 样本及３个未处理样本。该芯片试验平台为ＧＰＬ９０，是Ａｆｆｙ ２．１　差异表达基因 ｍｅｔｒｉｘ公司的商业性芯片，共有９３３５个不同的酵母转录子， 通过数据预处理，共有６５４个基因通过了滤过标准，这些 包括已知的６４００个酵母基因探针。 基因中进行２样本非配对ｔ检验，共获得２３６个有统计学意 １．２　数据预处理 义的差异表达基因，已知其中的１３２个基因。这些基因中有 芯片数据样本解压后放入同一文件夹，将数据导入ＢＲＢ ７７个表达上调，５５个表达下调，变化倍数达到５以上的基因 ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ软件包，并自动生成试验描述符文件。利用软件包 有８１个，上调基因中变化倍数最大的接近２９０，变化倍数超 中的Ｆｉｌｔｅｒ工具对芯片数据进行过滤和标准化，采用的过滤