基于小波变换的蛋白质与dna相互作用的计算机预测 - 上海大学学报.pdfVIP

第１６卷 第３期 上 海 大 学 学 报 （自然 科 学 版） Ｖｏｌ．１６Ｎｏ．３ ２０１０年６月 ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＳＨＡＮＧＨＡＩＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ（ＮＡＴＵＲＡＬＳＣＩＥＮＣＥ） Ｊｕｎ．２０１０ 　　ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００７２８６１．２０１０．０３．０１３　 基于小波变换的蛋白质与ＤＮＡ相互作用的 计算机预测 江　浩，　冯铁男，　秦殿刚，　王翼飞 （上海大学 理学院，上海２００４４４） 摘要：蛋白质与ＤＮＡ的相互作用在细胞的转录调控和ＤＮＡ修饰等活动中至关重要．将改进的共鸣识别模型应用于 预测酵母蛋白质与ＤＮＡ的相互作用，运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异，并通过阈值的 选取达到了较好的预测结果．同时，将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配，找到了保守位点，进而从结合位 点的角度验证了本方法的正确性． 关键词：共鸣识别模型；离散小波变换；蛋白质与ＤＮＡ相互作用；信噪比 中图分类号：Ｑ５１　　　　　文献标志码：Ａ　　　　　文章编号：１００７２８６１（２０１０）０３０２８１０５　 ＣｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＰｒｏｔｅｉｎＤＮＡＩｎｔｅｒａｃｔｉｏｎＢａｓｅｄｏｎ ＷａｖｅｌｅｔＴｒａｎｓｆｏｒｍ ＪＩＡＮＧＨａｏ，　ＦＥＮＧＴｉｅｎａｎ，　ＱＩＮＤｉａｎｇａｎｇ，　ＷＡＮＧＹｉｆｅｉ （ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＳｈａｎｇｈａｉＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２００４４４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＰｒｏｔｅｉｎＤＮＡｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓａｒｅｖｉｔａｌｆｏｒｍａｎｙｐｒｏｃｅｓｓｅｓｓｕｃｈａｓｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｒｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎｄ ＤＮＡｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｉｎｌｉｖｉｎｇｃｅｌｌｓ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｕｓｅｓｔｈｅｍｏｄｉｆｉｅｄｒｅｓｏｎａｎｔｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｓｍｏｄｅｌｔｏｐｒｅｄｉｃｔ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｙｅａｓｔｐｒｏｔｅｉｎｓａｎｄＤＮＡ．Ｔｈｅｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｏｆｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓｏｆｓｉｇｎａｌｔｏｎｏｉｓｅｒａｔｉｏ （ＳＮＲ）ｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｐｏｓｉｔｉｖｅｄａｔａａｎｄｔｈｅｒａｎｄｏｍｄａｔａａｒｅｆｏｕｎｄｕｓｉｎｇｗａｖｅｌｅｔｔｒａｎｓｆｏｒｍ．Ｓａｔｉｓｆａｃｔｏｒｙ ｒｅｓｕｌｔｓａｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｂｙｃｈｏｏｓｉｎｇａｎａｐｐｒｏｐｒｉａｔｅｔｈｒｅｓｈｏｌｄ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｒｅｓｏｎａｎｔｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｍｏｄｅｌ；ｄｉｓｃｒｅｔｅｗａｖｅｌｅｔｔｒａｎｓｆｏｒｍ；ｐｒｏｔｅｉｎＤＮＡｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ；ｓｉｇｎａｌｔｏ ｎｏｉｓｅｒａｔｉｏ（ＳＮＲ） ［２３］ 　　蛋白质与ＤＮＡ的相互作用在基因的转录调控 ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｓｍｏｄｅｌ，ＲＲＭ） ，将其作为研究蛋白质 和ＤＮＡ修饰等活动中扮演了关键角色，通过对蛋白 与ＤＮＡ相互作用的一种方法，归纳出了产生相互作 质与ＤＮＡ相互作用的研究，可以进一步了解增殖和 用的蛋白质和ＤＮＡ具有相近特征频率的结论，为从 分化等生命活动的机理［１］．Ｅ．Ｗ．Ｐｒｏｈｏｆｓｋｙ通过固体 蛋白质和ＤＮＡ的一级结构入手研究蛋白质与ＤＮＡ 物理学试验得 到 了共 鸣识别模 型 （ｒｅｓｏｎａｎｔ 的相互作用提供了一种途径．但是，共鸣识别模型在 收稿日期：２００９０２１２ 基金项目：国家自然科学基金资助项目；上海市重点学科建设资助项目 （Ｓ３０１０４）；上海市教委重点学科