合成生物学在链霉菌次级代谢产物研发中的应用.PDFVIP

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１５，３５（４）：９２９７ ＤＯＩ：１０．１３５２３／ｊ．ｃｂ 合成生物学在链霉菌次级代谢产物研发中的应用 李晓梅　林春燕　逄爱萍　李晓波　赵广荣 （天津大学化工学院制药工程系，系统生物工程教育部重点实验室　天津化学化工协同创新中心合成生物学平台　天津　３０００７２） 摘要　链霉菌是革兰氏阳性丝状细菌，其次级代谢产物具有抗感染、抗虫、抗肿瘤、免疫调节等生 理活性，在医药、食品和农业领域具有重要应用价值。链霉菌的遗传操作技术是发现和改良新次 级代谢产物的基础，近年来合成生物学的兴起为链霉菌的研发提供了全新的视角。综述了合成 生物学在链霉菌次级产物生物合成基因簇克隆与组装、底盘细胞设计与改造、调节两者适配性方 面的应用进展。 关键词　合成生物学　链霉菌　次级代谢产物　生物合成基因簇　克隆与组装　最小化基因组 　底盘细胞 中图分类号　Ｑ８１９ 　　链霉菌是革兰氏阳性放线菌，能产生大量具有重 往往较大（一般大于３０ｋｂ），利用常规分子克隆策略， 要价值的次级代谢产物，包括抗生素、抗肿瘤药物、免 需要构建和筛选基因组文库，操作复杂且难以得到全 疫抑制药物、抗虫药物等，广泛用于医疗、农业、食品等 长的基因簇。近年来研发的ｒｅｄ／ＥＴ重组技术和酿酒酵 领域。随着对链霉菌持续的开发利用，特别是２０世纪 母细胞内同源重组组装技术，是克隆和组装次级代谢 ６０年代以后，发现新型、高活性的次级代谢产物难度逐 产物生物合成基因簇中简单、高效的方法。 渐增大，主要原因在于：以传统方法克隆、改造次级代 １．１　Ｒｅｄ／ＥＴ重组技术克隆生物合成基因簇 　　Ｒｅｄ／ＥＴ重组系统是基于 噬菌体中ｒｅｄ、ｒｅｄ、ｒｅｄ 谢生物合成基因簇周期长且成功率低；新的链霉菌分 λ α β γ 基因和Ｒａｃ原噬菌体中ｒｅｃＥ、ｒｅｃＴ基因建立的。 Ｒｅｄ和 离筛选工作没有突破性进展；研究透彻的链霉菌内源 λ 代谢途径多而复杂，不利于外源目标产物生物合成。 ＲｅｃＥＴ均能介导含有同源臂的线性 ＤＮＡ片段和环状 本世纪兴起的合成生物学为链霉菌的定向设计与高效 ＤＮＡ之间的同源重组 （ｌｉｎｅａｒｐｌｕｓｃｉｒｃｕｌａｒｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ 代谢产物合成研究提供了契机，为当前面临的研究难 ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ，ＬＣＨＲ）。ＲｅｃＥＴ还能高效催化线性ＤＮＡ 题提出了新的解决方案［１］。合成生物学是在系统生物 片段之间的同源重组反应（ｌｉｎｅａｒｐｌｕｓｌｉｎｅａｒｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ［３］ 学的基础上，引入系统设计理论构建具有预期功能的模 ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ，ＬＬＨＲ）。２０１２年Ｆｕ等 把这些基因构建 块，在适当的“底盘”细胞中表达从而实现生物学功 成不同类型的表达载体，通过控制同源重组蛋白的表达， ［２］ 从大片段文库中精准克隆出目标片段。将阿拉伯糖启动 能 。合成生物学应用到链霉菌的研究中，在克隆、编辑 子控制的ｒｅｄ、ｒｅｄ、ｒｅｄ 基因整合到大肠杆菌基因组 α β γ 与组装次级代谢产物生物合成基因簇、设计与改造链霉