分子动力学模拟方法及其误差分析 - 青岛大学.pdfVIP

维普资讯 第 16卷第 2期 青 岛 大 学 学 报 V01．16No．2 2003年 6月 JOURNALOFQINGDAOUNIVERSITY Jun． 200B 文章编号：1006-1037(2003)02-0024-05 分子动力学模拟方法及其误差分析 张立红 ，张 军 (石油大学应用物理系，山东 东营257061) 摘要：以液态水体系为例进行了正则系综的分子动力学模拟计算，并将模拟结果与实验和文 献结果进行 比较 。分析认为误差的产生主要是由于模拟过程 中所采用的位能模型、算法和 其他模拟参量不够准确造成的。由于误差产生的原因具有多样性 ，且各种因素是相互影响、 相互制约的，所 以实际模拟时，应在精度和误差之间作出平衡，以达到最佳的模拟效果。 关键词：分子动力学模拟 ；误差；位能模型 中图分类号：0482．5 文献标识码 ：A 分子动力学模拟方法首先是 由Alder和 Wainwright提出的_】J。其基本原理是使用一个含有有限个分子 并且有周期性边界条件的立方盒子，从该体系某一设定的位能模型出发，通过计算机模拟求解微元中全部分 子的牛顿运动方程 ，记录它们在各个不同时刻的位置、速度和受力等，然后统计得到体系的各种热力学、结构 和迁移性质，也就是 由体系粒子的微观性质求算其宏观性质_7J。它可被用来检验理论的正确与否，又可以将 其结果与实验值相比较 ，籍以检验和改进模型，同时还可以模拟得到某些极限条件 以及实验无法实现情况下 体系的一些信息。本文介绍了分子动力学模拟方法的基本实现过程，并以液态水体系为例进行了正则系综 的 (MolecularI~namcs)模拟计算。通过模拟结果与实验和文献结果的比较，从位能模型、模拟分子数、求 解运动方程的算法、位能截断、总时间步和时间步长等5个方面对误差产生的原因进行了分析。 1 分子动力学模拟的基本步骤 1．1确定研究对象 进行分子动力学模拟首先要选取一个 明确的研究对象。对于同一对象 ，由于研究的 目的不同，在实际模 拟过程 中所采用的系综也有差别_】J：例如在模拟过程 中如果体系的能量守恒 ，则要采用微正则系综；如果粒 子数、体积和温度不变，则要采用正则系综 ；而对于粒子数、压力和温度不变的情况，应该选择NPI．系综 ；当 然对于体系粒子数发生变化的情况，则要选取巨正则系综。确定了研究对象和系综之后 ，在体系中取一个包 含若干(百个)分子或离子的微元，通过对其性质研究 ，来获得所需要的宏观体系的有关性质。 1．2建立位能模型 位能模型的建立是进行分子动力学模拟最为重要的一个环节_3j。位能模型是对体系分子或离子之间相 互作用势的反映，模拟能否成功取决于能否准确地选择位能模型。由于研究范围的广泛性和研究对象的复 杂性，分子间相互作用模型也不完全相 同：例如对于简单分子，常采用硬球、软球、Leonard—Jones位能、Kihara 位能、StockMeyer位能等模型；而对于复杂分子，可采用多中心的位置 一位置相互作用模型L3J，但各中心间的 相互作用仍然采用简单位能函数；对于带电分子或离子，还需引入 Coulomb相互作用。 1．3分子运动方程的建立 分子动力学方法的出发点是对物理系统确定的微观描述。这种描述可 以是哈密顿描述或拉格朗 日描 述，也可以是直接用牛顿运动方程来描述_4J。每种描述都将给出一组运动方程 ，运动方程的具体形式由分子 - 收藕 日期：2002-11—12 一 第一作者简介：张立~(1967一)，女，山东济南人，讲师 ．主要从事大学物理的教学工作。 维普资讯 第 2期 张立红，等：分子动力学模拟方法及其误差分析 间相互作用势，即位能模型所确定。MD方法的具体做法就是在计算机上求分子运动方程的数值解。采用 适当的格式对方程进行近似，即以离散替代连续、以差分替代微分，建立一个有限差分格式；对该差分格式方 程组进行求解，可以在相空间中生成一条路径，沿这