网络生物信息资源及应用基因组学和生物信息学前沿 - abc - 北京大学.pdf

生物信息学之我见 My View on Bioinformatics 北京大学香港青年才俊英才培训班（第二期） 2016年7月26 日北京大学电教304 罗静初 北京大学生命科学学院 北京大学生物信息中心 luojc@ /talk/myview.pdf The Definition of Bioinformatics The term was apparently coined by B. Hesper and P. Hogeweg of the University of Utrecht Theoretical Biology/Bioinformatics Group in the mid 1970s. The branch of science concerned with information and information flow in biological systems, esp. the use of computational methods in genetics and genomics. 1976 - Acta Biotheoretica 25 3 We publish papers on the philosophy of biology, biomathematics and bioinformatics. 1987 - Science 4 Sept. 1108/3 A new research program in bioinformatics. This is intended to bring together research in computing science, structural biology, and molecular genetics. Medical Subject Heading index database still uses computational biology for bioinformatics. Wikipedia lists more than 10 special areas that involving in bioinformatics. 1999年自然科学基金委21世纪核心科学论坛纪要 以人类及其它各物种基因组核酸、蛋白质等生物大分子数据为 主要研究对象，以系统生物学为主要研究思路，以计算生物学 为主要研究方法，以数理科学、信息科学和计算机科学为主要 研究手段，以计算机网络为主要研究环境，以计算机软件为主 要研究工具，构建各种类型的专用、专门、专业数据库，研究 开发面向生物学家的新一代计算机软件，对浩如烟海的原始数 据进行存储、管理、注释、加工，使之成为具有明确生物意义 的生物信息，并通过对生物信息的查询、搜索、比较、分析， 从中获取基因编码、基因调控、核酸和蛋白质结构功能及其相 互关系等理性知识。在大量信息和知识的基础上，探索生命起 源、生物进化以及细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰 亡等生命科学中重大问题，搞清它们的基本规律和时空联系， 建立“生物学周期表” 。 以核酸蛋白质等生物大分子为主要研究对象 以系统生物学为主要研究思路 以计算生物学为主要研究方法 以信息、数理、计算机科学为主要研究手段 以计算机网络为主要研究环境 以计算机软件为主要研究工具 对序列数据进行存储、管理、注释、加工 对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析 构建各种类型的专用数据库信息系统 研究开发面向生物学家的新一代计算机软件 利用数理统计、模式识别、动态规划、密 码解读、语意解析、信令传递、神经网络、 遗传算法以及隐马氏模型等各种方法 对序列、结构数据进行定性和定量分析， 从中获取基因编码、基因调控、序列-结构 -功能关系等理性知识 阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病 变、衰亡的基本规律和时空联系 探索生命起源、生物进化、生命本质等重 大理论问题，最终建立“生物学周期表” 生物学中的时间和空间尺度 禾本植物出现 0.35亿年 1000km 生物圈 宇宙大爆炸 140亿年 被子植物出现 1.4亿年