转化医学信息学研究进展转化医学信息 - 太仓市正兴转化医学信息学中心.pdf

TCTB 转化医学信息学研究进展 Translational biomedical informatics Research 2013.4 |TCTB 目 录 最新研究2 BMC Systems Biology: 系统生物学的知识管理2 Clin Sci : 系统生物学在转化医学方面的憧憬与挑战4 Stat Med.：临床转化研究中的伦理学分析的基本原则7 BMC Med Inform Decis Mak ：人员、组织和领导因素对信息学的影响将 支持临床和转化医学的研究8 J Transl Med: 在转化医学杂志中介绍医学生物信息学 10 研究进展 13 基因组的“暗物质”—ncRNA 作为生物标志物的应用 13 疾病生物标记物在转化医学信息学领域中的机会和挑战 15 复杂网络理论在转化医学的应用22 会议快讯26 相关资源29 转化医学相关杂志29 转化医学资源30 第一届国际转化医学信息学会议特刊31 BioMed Research International 特刊32 Computational and Mathematical Methods in Medicine 特刊33 太仓正兴转化医学信息学中心发表论文35 1 TBIR 2013 年第1 期 创刊第1 期 2013.3-2013.4 最新研究 BMC Systems Biology: 系统生物学的知识管理 --一个普遍和可视驱动框架在转化医学的应用 时间：2012-12-12 ZJH 整理 德国Biomax 公司的Dieter Maire 博士等人称为了加强对复杂生物系统如疾病 的理解，需要把所有可获得的数据放入语境，然后识别一些预先假设的相关性、 模式和规则。生命科学成为一个成千上万实体行为（如基因、化合物、疾病、细 胞类型和组织）的数据丰富的科学，这些实体有组织地集合于不同数据库和（或） 文献中。 现有知识如基因型-显型关联、信号转导通路必须整合起来，动态地组 织成连接临床与实验数据的结构网络。他们之前提出了一个一般知识管理框架 BioXM™ ，它可以在特殊领域知识表示基于特殊对象以及他们之间的注释本体关 系，产生动态图画模型。 现在，他们展示BioXM 在系统生物学的知识管理，这 是EU FP6 BioBridge 项目对于慢性疾病的转化方法的一部分。从临床和实验数 据、文本挖掘结果和公共数据库，我们生成了一个慢性阻塞性肺病（COPD ）知 识基地，利用挖掘特殊网络、临床和实验数据展示了它的用途。 他们产生了第一个整合的COPD 特殊公共知识基地，发现利用BioXM 整合 临床和实验数据比类似系统的传统软件减少了操作时间。这个知识基地可以用于 子网络的获取，如蛋白质-蛋白质相互作用，通路，基因-疾病和随后的数据分析、 建模与模拟的基因-化合物数据。每日临床情况监测的应用需要搜索界面的进一 步简化，目前还在开发中。 原文： doi:10.1186/1752-0509-5-38 Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine Dieter Maier, Wenzel Kalus, Martin Wolff, Susana G Kalko, Josep Roca, Igor Marin de Mas, Nil Turan, Marta Cascante, Francesco Falciani, Miguel Hernandez, J