酿酒酵母26s蛋白酶体调节颗粒盖子复合体rpn亚基的序列、结构 - abc.pdf

酿酒酵母26S蛋白酶体调节颗粒盖子复合体 Rpn亚基的序列、结构及相互作用分析 PKU15S-G07 报告人：庾星驰 组员：李倩雯、于淼 主要内容 • 1.研究背景 • 2.Rpn系列蛋白的序列保守性分析 • 3.Rpn系列蛋白的结构保守性分析 • 4.亚基间相互作用界面保守性残基分析 • 5.结构未知亚基的性质和结构预测 • 6.小结 研究背景 研究背景 蛋白质降解过程： From：Cell Signaling Technology 研究背景 26S蛋白酶体： 盖子复合体(底物识别*, 去泛素化) 26S 19S 调节颗粒 蛋白酶体 基底复合体(去折叠, 转运底物) (2.5 MDa) 20S 核心颗粒 RPN1,2,13 RPN3,5- RPT1-6 9,11,12,15 Side view of the S. cereviaiae 26S proteasome (Cryo-EM ∼7 Å ) Trier et al, 2013 研究背景 盖子复合体： Rpn3,5-9,11,12,15 Gabriel et al., 2012 序列保守性分析 Rpn9保守性残基分析： Rpn9的保守性残基主要集中分布在3个区域，其中保守区域1，2分布在PCI结构域中 保守区域3分布在N端结构域。 结构保守性分析 已有含PCI结构域的蛋白结构： A B C D PCI domain Linker region N-terminal domain A.酿酒酵母Rpn9 的溶液结构（PDB ID: 2MR3）； B.果蝇Rpn6 的晶体结构（PDB ID：3TXN ）； C. 裂殖酵母Rpn12 的晶体结构（PDB ID：4B0Z ）； D. 拟南芥CSN7 的晶体结构（PDB ID：3CHM ） 结构保守性分析 PCI结构域结构对比： RMSD=5.0 RMSD=7.2 RMSD=3.2 Rpn9溶液结构与果蝇Rpn6, 裂殖酵母Rpn12 和拟南芥CSN7 的PCI结构域的结构对比 结构保守性分析 WH(winged helix)亚结构域结构比对： 180° 蓝色表示Rpn9 的WH 亚结构域，紫色、绿色和橙色分布表示Rpn