农学生命情报科学-iu.a.u.PDFVIP

2016.02.01版 講義室後ろにあるUSBメモリ 中のhogeフォルダをデスクトッ プにコピーしておいてください。 農学生命情報科学 特論I 第3回 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 門田幸二 kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Jun 25, 2014 1 講義予定  第1回（2014年6月11日） 教科書  西 ：NSG概論。現状や展望など。講義のみ  第2回（2014年6月18日）  門田 ：データベース、データ取得、ファイル形式および変換、前処理  教科書の1.3節周辺  第3回（2014年6月25 日）  門田 ：アセンブル、マッピング、カウント情報取得  教科書の2.3節周辺  第４回（2014年7月2 日）  門田 ：クラスタリング、データ正規化、実験デザイン、分布（モデル）、発現変動解析  教科書の3.3節周辺 授業の目標・概要 次世代シーケンサ(NGS)の普及により、以前は主にゲノム解析系で必要とさ れていた配列解析のためのスキルがトランスクリプトーム解析においても要 求される時代になっています。本科目では、様々な局面で応用可能な配列解 析系のスキルアップを目指し、RNAシークエンス（RNA-Seq）に基づく（非モデ ル生物の）トランスクリプトーム解析を題材とした実習を含む講義を行います。 Jun 25, 2014 2 エラーの具体例 (2014年6月13日) 2013年11月1日のセ ミナーで見せた結果 エラーの原因はメモリ不 足だそうです by 孫堅強 氏(2014年6月19日) Jun 25, 2014 3 課題遂行時に何人か遭遇したエラーの解説 何人かの方が、作業ディレクトリの変更も正しく行い、 SRR609266.fastq.gzファイルもhogeフォルダ中に存在するにも 関わらず、入力ファイル読み込み時にエラーに遭遇しました。 この理由は2つ考えられます。1つめは、USBメモリにコピーす る際に正しくコピーできていなかった可能性、そして2つめは USBメモリ