方法建立食管癌患者血清蛋白指纹图谱诊断模型.ppt

* 运用MALDI-TOF MS方法建立 食管癌患者血清蛋白指纹图谱诊断模型 河北医科大学第四医院 科研中心/河北省肿瘤研究所 刘丽华 王士杰 单保恩 孟君 艾军 田子强 张泽峰 研究背景 食管癌是最常见的恶性肿瘤之一，在世界范围内是第六位肿瘤致死病因。约50%食管癌发生在中国，绝大多数为食管鳞状细胞癌。目前，食管癌诊断仍然依赖于胃镜活检，患者依从性差。因此，寻找高效的分子标志物对食管癌的诊治有重要意义。 随着人类基因组计划的提前完成，获得大量不同基因序列的信息，但是执行这些信息所蕴藏的各种复杂生物学功能的却是蛋白质。因此，蛋白质组学的地位被提到了前所未有的高度。 基质辅助激光解析离子化飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）是近年出现的一种新的蛋白质组学研究方法，可用于检测临床各种标本，如血清、尿液、脑脊液等。而且，MALDI更特异性关注分子量1000-10000的小分子多肽的特点更优于传统的技术。 本研究利用MALDI-TOF MS技术平台，对食管癌患者及正常对照者血清进行检测，并建立食管癌蛋白质谱诊断模型，探讨其在食管癌诊断中的应用。 材料与方法 研究对象 71例食管癌患者血清标本全部来自河北医科大学第四医院胸外科，62例经病理诊断为食管鳞癌，9例腺癌，根据AJCC/UICC食管癌TNM分期标准进行分期，正常对照者38例，为健康体检患者，两组间年龄性别比较无显著性差异（P0.05）。 stage I stage II stage III stage IV Total ESCC 7 15 32 8 62 EA 1 3 5 0 9 Tatol 8 18 37 8 71 方法 应用磁珠分选的方法进行血清蛋白标本分离富集，采用德国Bruker Daltonics公司的AutoflexШ型质谱仪进行数据采集，并用ZUCI-蛋白芯片数据分析系统进行高通量数据处理，运用遗传算法结合支持向量机运算建立诊断模型并验证。 Cluster analysis Disease Normal Cluster analysis Disease Normal 结果 实验质控结果 采用标准血清进行外标校正，校正平均分子量偏差小于100ppm，数据变异系数为18%。（下图为标准品图谱）。 Figure 1 Peptide and protein standards by MALDI-TOF MS. Substance Average mass(M+H) Resolution StDeV AngiotensinⅠ 1297.48 365 10 AngiotensinⅡ 1047.18 360 10 Substance P 1348.64 380 17 Bombesin 1620.86 420 23 ACTH clip 1-17 2094.42 475 22 ACTH clip 18-39 2466.68 540 17 Somatostain 28 3149.57 580 25 Ubiquitin 4283.45 800 40 Insulin 5734.56 580 25 Cytochrome c 6181.05 560 85 Ubiquitin 8565.89 345 25 血清蛋白质荷比峰的筛选 在相对分子质量1000～10000范围内，共检测到138个蛋白质荷比峰。统计学处理后食管癌组与健康对照组间P值小于0.05的峰有79个，小于0.01的峰有71个。P值越小，说明在两组中差异越显著，单个峰分组能力越强。选择这些峰随机组合后应用支持向量机法进行运算，建立诊断模型。 模型1 区分食管鳞癌组和健康对照组的差异模型 （由下表11个质荷比峰组成） Mass/Charge (Da) Intensity in ESCC Intensity in health control P 2 087 107.92 ± 49.69 2777.98 ± 1068.70 0.000000 2 210 325.26 ± 235.91 11724.23 ± 2600.55 0.000007 3 258 1589.21 ±502.07 6254.80 ± 1524.00 0.000002 3 973 96.59 ± 63.80 2278.15 ± 828.17 0.0087 4 283 123.86 ± 88.19 2585.24 ± 1284.28 0.00132 4 645 8437.77 ±710.44 2343.56 ± 943.61 0.000037 4 092 7225.07 ±451.40 1833.69 ± 567.12 0.006 4 210 25999.73±2034.50 4279.75 ± 58