Q8.如何对多重比对序列进行排序.PDFVIP

Q8. 如何对多重比对序列进行排序？ A8 ：由于序列比对矩阵分值的不同，Clustalx 比对后的序列顺序会发生变化，解 决比对后序列重新排序的问题，可以使用两个软件： （1）MEGA5 中的子程序 Alignment Explorer ，点击下图中的红色箭头即可实 现序列升/降排序； （2 ）直接用 MAFFT 软件比对，在输出格式选项设置输出序列顺序即可。 Q9. 如何解决 Word 2007/2010 中打开带 EndNote X6/7 的文件响应缓慢甚 至假死问题？ A9 ：由于Word 中某一项拼写和语法检查功能与 EndoNote 冲突，只要一个小 小的设置就可以解决问题哒。 依次打开在 Word 中点击文件-“选项”-“校对”-“在Word 文档中更正拼写和语法 时”标签，取消选中“键入时标记语法错误”即可（如下）。 Q10. 如何快速判断测序得到的序列方向并批量删除载体序列？ A10 ：将测序得到的序列（大于800bp 的需先拼接）和参考序列文件均以FASTA 格式合并在一个文件内，先在MEGA 多重比对，根据比对结果判断目的序列的 方向。 如果与参考序列差异较大的序列，则可能为需要调整的序列，选定这些序列外， 依次在“Data”-“Reverse complement”反向互补后，重新比对后，然后删除参考 序列以外的两端序列，最后导出为FASTA 的文件即可。 Q11. 如何使用MEGA 批量进行系统发育分析？ A11 ：图形化界面（GUI）的MEGA 每次处理一个批次的数据，不同批次数据需 要做相似或相同系统发育分析时，可以用MEGA 6.0 Compute Core (CC) 进行 批量分析，将不同批次的数据（每个建树序列/行）保存在一个文本文件中，通 过命令行进行： M6CC.exe -a Model.mao -d seqpath.txt -o Modelresults （小编 先卖个萌o(^▽^)o ，后期我们将会分享具体图解教程哈） Q12. 如何快速批量重命名序列名称？ A14 ：可以用“借来还去法”实现：将FASTA 格式的序列排序后，复制粘贴入Excel 文档中，并手动添加第一列，进行编号后，再对第二列排序，实现序列名称和序 列内容分离。批量替换序列名称后，重新以第一列排序，最后删除手动添加的第 一列。 To be continued ================================== 这些技巧来自生信老师Raindy 的分享，我们将陆续分享系统发育树美化、多重 序列比对等图解教程，敬请关注！