蛋白质组学汇总.pptVIP

3.4 生物信息学分析 生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的组成部分，它为2D图像的分析比较及蛋白质鉴定等提供了方便快捷的帮助和大量信息。 蛋白质组生物信息学主要包括： 蛋白质组数据库 相关的工具软件 3.4.1 蛋白质组数据库 蛋白质组数据库是蛋白质组研究水平的标志和基础。包含所有鉴定的蛋白质信息，如蛋白质的顺序、核苷酸顺序、2D、3D结构、翻译后的修饰、基因组及代谢数据库等。 瑞士的SWISS- PROT 拥有目前世界上最大、种类最多的蛋白质组数据库。 标准的且可重复的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳蛋白质分析方法使得大规模的蛋白质组研究成为可能，再加上其它技术的辅助(如蛋白质免疫检测、微序列分析、质谱等)，可以获得大量的蛋白质表达的信息。这些信息可以贮存在蛋白质数据库中，并与其它数据库相联接。 1.GELBANK ??网址：??简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。 2.SWISS-2DPAGE??网址：/ch2d/??简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D参考图。3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)??网址：/??简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。 4.Sys-BodyFluid??网址：/bodyfluid/??简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液 的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。 5.BloodExpress??网址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/??简介：小鼠造血过程基因表达数据库 6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)??网址：http://centrosome.dacya.ucm.es??简介：人体中心体蛋白数据库7.ConsensusPathDB??网址：http://cpdb.molgen.mpg.de??简介：人类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉 应用，提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。8.Proteome Analysis Database????网址：teome/??简介：蛋白质组分析数据库 10.HPRD(Human Protein Reference Database)??网址：/??简介：人体蛋白文献数据库11.NOPdb??网址：/NOPdb3.0/??简介：核仁蛋白组数据库12.EndoNet??网址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/ ??简介：细胞通讯网络数据库，提供激素、激素受体相关 信息 3.4.2 工具软件 蛋白质2D图谱分析软件 已有多种软件可自动迅速完成2D图像，进行斑点检查与量化、背景过滤、图像匹配与比较及统计分析等，常用的有如BIORAD公司开发的PDQuest，Amersham Pharmacia Biotech开发的Im-ageMaster 2-DElite。Genomic Solutions开发的Biol-mage-2D Investigator等。 蛋白质鉴定软件 蛋白质的鉴定需要把实验室得到数据，通过相关算法与程序，进行已知蛋白质数据库的搜索比对来完成。依据提交的信息类型可分为氨基酸组分比对、肽片段质量比对和部分肽段序列比对三类，常见的有SEQUEST，Aacomp ldent l peptide Search、Mascot，peptident、MS-Fit和Muhildent等。 蛋白质结构和功能预测软件，如Findmod等。 3.5 研究蛋白质间相互作用的技术 免疫共沉淀技术（Co-Immunoprecipitation） 酵母双杂交技术（Yeast two-hybird system） 免疫共沉淀技术（Co-Immunoprecipitation） 是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法；是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 原理：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下