山西师大郜刚生物信息学-01-1-生物信息学的大众认识和专家谈试卷.ppt

适应不同的思维方法：因果论和“目的论” 任何科学都来自对客观世界的反映 数理科学：“放之宇宙而皆准”的普遍原理、逻辑和演绎的方法 生命科学：小小地球上一定历史时期、一定空间和温度范围内的极其特殊的现象、归纳为主的方法 唯其特殊、所以复杂 不同的语言：因果和“目的” 汤佩松、王竹溪60多年前的贡献 J. Phys. Chem. 45 (1941) 443 (1940年 8月9日收到寄自昆明西南联大的文稿) 孤立细胞中水关系的热力学描述，使用化 学势,不同于当时的渗透压理论 1950年代国内的争论：汤王“败阵” 1960年代国外回到热力学理论 1980年代以后国际上注意到汤王早期工作 (感谢刘寄星博士提供素材) 参考书 1。郝柏林、刘寄星主编，《理论物理与生命科学》，上海科学技术出版社，1997，1999。 2。邹承鲁，《生物学在召唤》，上海科技教育出版社，1999。 3。郝柏林、张淑誉，《生物信息学手册》，上海科学技术出版社，2000，2002。 4。郝柏林，《生物信息学浅说》，上海科技教育出版社，2003。 5。“GOOGLE大学”： /mlss07_gunnar_intbio/ 人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * “数学的应用:…生物学中的数学=0.” （恩格斯：1885） 于光远等译,《自然辩证法》, 人民出版社, 1984, 172页 生物有数 生物多样性（宏观数据） 现存物种知多少？ 从2 百万到10亿的种种估计 2003年11月初GenBank核酸数据库中有 154 089 种生物至少有1条数据 其中只有约半数有某些分类学信息 目前地球上存活着约 5000 种哺乳动物,约9000种鸟类 细菌是地球上最成功的物种,然而我们不知道它们的数目有多少 生物数据的产量 中国科学院基因组学研究所（“华大基因”）每天的测序能力：5000万碱基对（5*107） 一个人的基因组：3.2*109 碱基对 籼稻基因组：4.3*108碱基对 全世界每年生物数据产出量：1015字节 英国Sanger中心今后5年每年新增硬盘：80-100TB，即(0.8~1)*1014字节 GenBank 138版(2003年10月15日) 序列数: 29 819 397 (2981万) 核苷酸(字母)数: 35 599 621 471 (355亿) 序列平均长度: 1193 计算机：用火以来的最伟大发明 ENIAC（1944）：每秒330次乘法运算 神威计算机：每秒3840亿次浮点运算 曙光3000计算机：每秒4000亿次浮点运算 每秒1万亿次=1012次/秒 数学、物理和计算机科学大有可为 生物学引论 地球上的自然史 ~13 Bys: 大爆炸 ~4.9 Bys: 太阳系和地球诞生 ~3.8 Bys: 地球上出现原始生命 ~2.7 Bys: 细菌、光和作用 ~1.7 Bys: 多细胞生物 ~550 Mys: 寒武纪(Cambrian)物种大爆发 ~425 Mys: 志留纪(Silurian)物种爆发 ~65 Mys: 恐龙灭绝 ~3.5 Mys: 化石古猿科与人科分离 ~0.7 Mys: 人类与黑猩猩分离 ~0.5 Mys: 北京人 (Homo erectus) ~0.4 Mys: 智人(Homo sapiens) ~100-20 Kys: 山顶洞人 221 BC, 2224年前：秦始皇统一中国 模式生物 噬菌体(Bacteriophage: lambda, T4, T7) 病毒(Viruses: SV40, HIV) 大肠杆菌(Escherichia coli) 酵母(Saccharomyces cerevisiae , yeast budding) 线虫(Caenorhabitidis elegans, nematode, worm) 果蝇(Drosophila melanogaster, fruitfly) 拟南芥(Arabidopsis thaliana) 水稻(Oryza sativa, rice) 非洲爪蟾(Xenopus laviae, African frog) 斑马鱼(Danio rerio, Zebra fish) 小鼠(Mus musculus, mouse) 智人(Homo sapiens) 遗传物质 核酸(DNA)：线