生物化学第5章-蛋白质的三维结构资料.ppt

六、超二级结构结构域——结构域： “结构域”是在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区,是相对独立的紧密球状实体。对那些较小的球状蛋白质分子或亚基来说,结构域和三级结构是一个意思,也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域的如红氧还蛋白等；较大的蛋白质分子或亚基其三级结构一般含有两个以上的结构域，即多结构域的,其间以柔性的铰链（hinge）相连，以便相对运动。 结构域有时也指功能域，其基本类型有全平行α螺旋结构域,平行或混合型β折叠片结构域,反平行β折叠片结构域和富含金属或二硫键结构域等4种。 常见的结构域 锌指结构，Zinc finger； 亮氨酸拉链结构，Leucin zipper； EF手型钙结合性模序 (EF-hand Ca2+-binding motif） 肌钙蛋白的两个结构域。 1、定义：蛋白质的三级结构是指多肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，即整条肽链的三维构象。蛋白质的三级结构是在多种二级结构的基础上进一步盘旋、折叠，从而生成特定的空间结构（球状），包括主链和侧链的所有原子的空间排布，一般非极性侧链埋在分子内部，形成疏水核，极性侧链在分子表面。 2、三级结构的主要作用力：为侧链间的相互作用:包括氢键、离子键、疏水键及二硫键。 3、纤维蛋白与球蛋白的空间结构 纤维蛋白一般不溶于水，有一定强度，具有简单的二级结构元件，在生物体内起结构构件作用。 球蛋白具复杂的三级结构，一条多肽链中含几种类型的二级结构，组成两个以上相对独立的三维结构实体（结构域）。其亲水-R基位于球状表面，疏水-R基位于球状内部，因此球蛋白溶于水。 七、球状蛋白与三级结构 4. 球状蛋白分类：根据结构域类型分全α-结构、α,β-结构、全β-结构、小的富含金属或二硫键结构。 细胞色素C 溶菌酶 核糖核酸酶 球状蛋白三维结构特征 球状蛋白含有多种二级结构单元 2. 球状蛋白三维结构具有明显的折叠层次 3. 球状蛋白是紧密的球状或椭球状实体 4. 其疏水侧链埋在分子内部，亲水侧链在分子表面 5.球状蛋白分子表面具有一个空穴，可用来结合底物、效应物等配体。 典型球蛋白-肌红蛋白 肌红蛋白是哺乳动物肌肉中储存O2的蛋白质，由153个氨基酸组成的单链蛋白，分子量17.8KD（人）、16.7KD（鲸）。 （1）球型结构 4×3.5×2.5nm； （2）肽链的75%构成α-螺旋，具8个α-螺区； （3）Pro、Ile、Ser、Thr、Asn都出现在拐弯处； （4）分子疏水基都聚集在内部，整个分子致密结实，分子内部只有一个适于包含4个水分子的空间； （5）具有一个血红素辅基，垂直伸出表面，卟啉Fe有6个配位键，其中4个与卟啉环上的N原子相连，1个与蛋白肽链中的His咪唑基相连，另1个用于结合氧气。 八、蛋白质的四级结构 1、四级结构：蛋白质的四级结构是指亚基的种类、数量以及各个亚基在寡聚蛋白质中的空间排布和亚基间的相互作用。 2、亚基（subunit）：寡聚蛋白中每个独立三级结构单元称为亚基 。 3、寡聚蛋白：许多蛋白质是由两个或两个以上独立的三级结构通过非共价键结合成的多聚体，称为寡聚蛋白。寡聚蛋白分为均一寡聚蛋白（相同亚基构成）和非均一寡聚蛋白（由不同亚级构成）。 4、维持四级结构稳定的作用力：氢键、离子键、疏水键。 含有四级结构的蛋白质，单独的亚基一般没有生物学功能，只有完整的四级结构才有生物学功能。 一级 二级 三级 四级 肌红蛋白的四级结构 八、膜蛋白 膜蛋白可分为膜周边蛋白和膜内在蛋白、脂锚定蛋白。膜周边蛋白是可溶性球状蛋白，分布在膜双层表面，通过与膜内在蛋白的静电相互作用和氢键相互作用于膜结合；膜内在蛋白的一部分埋入脂双层;脂锚定蛋白是蛋白通过与脂的共价链接实现在膜上的锚定。 血糖蛋白 跨膜肽段是疏水氨基酸组成，N端和C端是亲水部分，伸向胞外和胞内。 （1）膜内在蛋白——具有单个跨膜肽段的膜蛋白 （2）膜内在蛋白——具有7个跨膜肽段的膜蛋白 细菌紫膜质 一条多肽链来回跨膜折叠，形成一个由多个经常是7个α螺旋反平行装配的球状膜蛋白。 （3）膜内在蛋白——β-桶型膜蛋白-膜孔蛋白 麦芽糖膜孔蛋白 三聚体，每个β桶由18股β反平行股通过β转角或回环结构连接。 脂锚定蛋白 a. N-豆蔻酰化;b. S-脂肪酰化; c.硫醚异戊二酰化; d.蛋白C末端羟基的酰胺化 九、蛋白质折叠和结构预测——蛋白质折叠 蛋白质变性 VS 蛋白质复性 天然蛋白质受到某些物理、化学因素影响，生物活性丧失、溶解度降低，不对称性增高以及其他物理化学常数发生改变，这种过程称为蛋白质变性(denaturation)。其本质是蛋白质分子的次级键被破坏，引起了天然构象的解体。变性不涉及肽键、二硫键共价键的破坏，一级结构完