基于elm 的蛋白质二级结构预测及其后处理 - journal of northeastern .pdfVIP

第3 0 卷第10 期 东 北 大 学 学 报 ( 自 然 科 学 版 ) Vol 30 ,No . 10 2 0 0 9 年 10 月 Journal of Nort heastern U niver sity (N at ural Science) Oct . 　2 0 0 9 基于 ELM 的蛋白质二级结构预测及其后处理 赵相国 , 王国仁 ( 东北大学 信息科学与工程学院 , 辽宁 沈阳　110004) 摘　　　要 : 将 EL M 应用到蛋 白质二级结构模型的训练 中 , 在此基础上提 出了基于概率的合并算法 (probabilit ybased combining ,PBC) ,用该算法预测结果的合并 根据生物学中关于蛋白质二级结构的特征提出 · ( ) 了预测结果的 Helix - 后处理 Helixpostprocessing , HPP 算法 ,对合并后的预测结果进行有效的后处理 ,从而 进一步提高预测结果的准确率 分别在 CB5 13 和 RS126 两个数据集上进行了实验 ,实验结果表明 ,预测结果 · 的准确率是令人满意的 ,尤其是实现了训练时间上的显著缩短 · 关 　键 　词 : 蛋白质二级结构预测 ; EL M ;基于概率的合并算法 ; Helix - 后处理算法 中图分类号 : TP 3 11. 13 　　　文献标识码 : A 　　　文章编号 : (2009) A Prediction Frame work Based on Extreme Learning Machine f or Secondary Structure of Protein ZHA O X iangg uo , WA N G Guoren ( School of Information Science Engineering , Nort heastern University , Shenyang 110004 , China . Correspondent : ZHAO Xiangguo , Email : zhaoxiangguo @ mail . neu . edu . cn) Abstract : A p rediction framework was p ropo sed for t raining t he secondary st ruct ure model of p rotein , based on a new effective learning algorit hm , i . e . , t he ext reme learning machine ( EL M) . Then , to merge t he p redicted result s toget her better , a p robabilitybased combining (PBC) algorit hm was p ropo sed wit h a Helixpo stp rocessing ( HPP) algorit hm set out accor ding to t he biological feat ures of p rotein ’s secondary st ruct ure , which will p rovide efficient po st p rocessing effect on t he p redicted result s after merging so as to imp rove t