生物信息生物信息技术in a nutshell - 数据挖掘与信息检索研究小组.pptVIP

生物信息 生物信息技术 in a nutshell 生物信息 生物信息技术 研究内容 概念 研究方向 生物信息（1） 生物体中包含的全部信息，如基因组信息、蛋白质、核酸、糖类等生物大分子的结构等。 调节和控制生命活动的信号。是构成生物体的三大要素（物质、能量、信息）之一。 生物信息对生物体的生存、繁殖都起着重要作用。 生物信息包含的范围很广，除遗传物质、神经电冲动和激素之外，生物体发出的声音、气味、颜色以及生物的行为本身都含有信息 生物信息的特点是消耗极少的能量和物质即可产生极大的生物效应。 生物信息（2） 生物信息一般分三种 遗传信息 以密码形式存储在DNA分子上，通过DNA的复制传递给子代。在后代生长发育过程中，遗传信息自DNA转录给RNA，后翻译成特异的蛋白质，以执行各种生命功能 神经和感觉信息 靠电脉冲和神经递质携带和传递。神经系统接受内外环境中的信息，进行加工处理，调节和控制机体各部分功能 化学信息 是除上述两类物质外由化学介质传递的信息。生物体的各种功能能够有条不紊地进行，对环境能及时做出反应，是由于生物体内存在着通过各种各样的化学信息分子进行传递的信息系统 生物信息学 数据不是问题！(1990年代以来: 各种基因组测序计划的展开和分子结构测定技术的突破和Internet的普及，数以百计的生物学数据库如雨后春笋般迅速出现和成长) 数以亿计的ACGT序列中包涵着什么信息？基因组中的这些信息怎样控制有机体的发育？基因组本身又是怎样进化的？ 如何从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构？ 诺贝尔奖获得者W. Gilbert在1991年指出：“传统生物学解决问题的方式是实验的。现在，基于全部基因都将知晓，并以电子可操作的方式驻留在数据库中，新的生物学研究模式的出发点应是理论的。一个科学家将从理论推测出发，然后再回到实验中去，追踪或验证这些理论假设”。 生物信息学 – 研究内容（1） 生物信息学是在生命科学研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学 其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，即从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息 把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计 生物信息学 – 研究内容（2） 生物信息学包括：（1）新算法和统计学方法研究；（2）各类数据的分析和解释；（3）研制有效利用和管理数据新工具 研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟） 当然还有启发式方法（即使是解决最简单的问题，要想得到次数最少，效能最高的解决方法也是非常困难的） 面对的数据量和数据库都是规模很大的，而相对的目标函数却一般难以给出明确的定义 生物信息学 – 三个概念解读 综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。 运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。 运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。 生物信息学 – 研究方向（1） 序列比对（Sequence Alignment）：比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性 蛋白质结构比对和预测：比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性 基因识别非编码区分析研究：给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置 分子进化和比较基因组学：利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树 生物信息学 – 研究方向（2） 序列重叠群装配：现行的测序技术每次只能测出较短的序列，这就要求把它们全体构成了重叠群并逐步拼接直至得到完整序列 遗传密码的起源 基于结构的药物设计：为了解人体内约10万种蛋白质的结构，功能，相互作用以及与各种人类疾病之间的关系，寻求各种治疗和预防方法 生物系统的建模和仿真：随着大规模实验技术的发展和数据累积，从全局和系统水平研究和分析生物学系统，揭示其发展规律 生物信息学 – 研究方向（3） 生物信息学技术方法的研究：海量和时变的数据以及复杂的背景导致机器学习、统 计数据分析和系统描述等方法需要在具体背景下迅速发展 生物图像：例如如何解释外貌相似？ 其他