活性寡肽分子结构表达及生物功能预测.PDFVIP

2003年8月 重庆 大学学报 Aug．2003 第26卷第8期 Journal of Chongqing University Vo1．26 No．8 文章编号：1000—582X(2003)08—0035—04 活性寡肽分子结构表达及生物功能预测’ 仇 亮加 ，李 波 ，李劲为 ，王 小燕 ’ 李志 良 (1．重庆大学化学化工学院，重庆 400044；2．重庆大学教育部重庆市生物医sp：r_程重点实验室，重庆 4ooo44) 摘 要：基于点电荷作用原理，仅从寡肽一级结构出发，借助分子中各原子电负性及原子间距离，构 建了能描述多肽分子结构的描述子参数——分子电负性距离矢量简称分子电距矢量。据此对24个速 激七肽序列进行了定量结构活性相关(QSAR)研究，取得了与文献接近或更好的效果，同时从多元线性 回归分析结果中获取了一些关于寡肽空间结构的信息，提出的电距矢量的计算比文献更为简便、更易获 得，且活性相关性好的特点，可望在生物大分子的结构表征及活性预测方面有所作用。 关键词：定量结构活性相关；分子电边矢量；速激七肽；活性寡肽；结构表达；功能预测 中图分类号：R95；PO69．1 文献标识码：A 人类基因组计划…已于20世纪80年代中叶启 进行了定量结构活性相关研究，取得了与文献接近或 动，取得了举世瞩目的巨大成就…。随着现代生命科 更好的效果。 前所未有的进展，使生east学正从描述性向推理性、从 1 原理与方法 宏观状态的研究到微观结构理论发展的趋势，特别是 近年来有关蛋白质结构与功能关系的研究受到了国内 “结构决定性质，性质是结构的反映”，这是化学 外生物学家、化学家以及相关学科的研究者们足够的 中的普遍规律。化合物中各组成原子好比物理学中的 重视。国内王志新院士和来鲁华教授 在这方面作 带电荷的质点，其相互作用可按点电荷间的相互作用 规律即库仑定律描述如下式(1)： 了大量的研究，取得了较大的进展，特别是在蛋白质空 n 间结构的预测方面作了不少工作。实际上，自从An． E=．∑(q‘ g，)／d 。c(q‘ qj)／d (1) finsen等 I．】提出蛋白质的一级结构完全决定了其三 其中q 、q1分别表示第f、第 类原子的相对于碳 维空间结构的著名论断以来，根据蛋白质的氨基酸序 原子的电负性。d 表示属于第i类和第 类的第l-,m 列从理论上预测其相应的空间结构就成为分子生物学 两原子间的相对距离，这里用原子间的键联距离相对 与碳一 碳单键的相对距离，其中相邻两原子的键联 中一个重要的、迄今为止仍未解决的难题。1993年 距离为两原子按其原子半键长的加和值，由于形成肽 Martin等 进一步阐明了蛋白质高级结构的信息仍全 链的实际键长可由文献得到，因此肽链上部分是取得 部包含在其一级结构中。近年来不少学者在这方面作 实际键长。称之为分子电负性距离矢量(简称分子电 了探讨 J。Raychaudhury等 仅从肽链的一维结构 距矢量MEDV或VMEE，记为l，)。 出发构建了描述氨基酸侧链拓扑形状与尺寸的结构参 n