第五章 NUISTHPC使用讲座.pptVIP

NUIST HPC使用讲座 ——代码调试 刘建宇 2015-04-28 ！！！声明！！！ 这里讨论的用户环境设置是基于目前（2014年）的NUIST HPC的配置上进行的 相关的用法、设置方式等有一定的普遍性，也有本地局限性 这里讨论的用法、设置方式，在不同的系统及配置下可能不适用 这里讨论的用法、设置方式，可能有不全面或不足之处 仅供参考，谨慎使用 3/Public/debugging.pdf 仅校内可访问 脚本调试 使用shell的执行选项 在shell中输出调试信息 使用“调试钩子” 脚本调试器bashdb / 脚本调试——使用shell的执行选项(-n) 读取脚本但不执行 测试脚本是否存在语法错误 bash -n script.sh ksh -n script.sh csh/tcsh -n script.sh 脚本调试——使用shell的执行选项(-x) 进入跟踪方式，显示所执行的每一条命令 全局调试 bash -x script.sh ksh -x script.sh csh/tcsh -x script.sh 局部调试（仅bash/ksh） set -x 打开调试信息 set +x 关闭调试信息 脚本调试——使用shell的执行选项(-x) 脚本调试——对“-x”的增强选项 BASH PS4=+${BASH_SOURCE}:${LINENO}:${FUNCNAME[0]}: KSH PS4=+${LINENO}: 脚本调试——对“-x”的增强选项 脚本调试——对“-x”的增强选项 脚本调试——使用shell的执行选项(-e) 如果产生错误立即退出 全局影响 bash -e script.sh ksh -e script.sh csh/tcsh -e script.sh 局部影响（仅bash/ksh） set -e 打开退出陷阱 set +e 关闭退出陷阱 脚本调试——使用shell的执行选项(-e) 脚本调试——在shell中输出调试信息 使用echo输出调试信息 echo |var=$var| 使用 trap命令 trap用于捕获指定的信号并执行预定义的命令 其基本的语法是: trap command signal shell伪信号 EXIT 从一个函数中退出或整个脚本执行完毕 ERR 当一条命令返回非零状态时(代表命令执行不成功) DEBUG 脚本中每一条命令执行之前 脚本调试——使用 trap命令 脚本调试——使用 trap命令 脚本调试——使用“调试钩子” 使用if块 if [ “$DEBUG” = “true” ]; then #此处可以输出调试信息fi 使用命令序列 namelist=`ls -l namelist.input` || { echo Error; exit 1; } 使用DEBUG函数 _DEBUG=“on DEBUG() { [ $_DEBUG == on ] $@ } DEBUG echo hello 脚本调试——使用“调试钩子” 程序调试 程序出错了!!! 程序调试 ——系统的相关文件 标准输入/标准输出/标准错误 stdin/stdout/stderr 程序调试——输出重定向 程序调试——输出重定向 程序调试——错误信息的查找 应用程序自己输出的日志文件 WRF ：rsl 文件 运行时重定向输出的日志文件 out.log 作业调度系统的标准输出和标准错误文件 PBS O 文件（标准输出）和E文件（标准错误） 或由 ＃PBS -j，＃PBS -o， ＃PBS -e 指定的文件 错误的诊断需要综合查看所有的日志文件 程序调试——错误信息的查找(示例) PBS O 文件 任务脚本中没有重定向的标准输出的内容 并行环境的标准输出的内容 作业调度系统自己的标准输出的内容 程序调试——错误信息的查找(示例) PBS E文件 任务脚本中没有重定向的标准错误的内容 并行环境的标准错误的内容 作业调度系统自己的标准错误的内容 程序调试——错误信息的查找(示例) 应用程序自己的输出文件 WRF RSL文件 rsl.out ：WRF输出到标准输出的内容 rsl.err ：WRF输出到标准错误的内容 程序调试——异常终止常见错误信息 Signal 11 or Signal 9 通常都是内存访问问题，例如数组下标越界、非法使用指针 或非正常结束并行程序 Singal 11(segmentation fault)，多数访问了程序空间以外的地址 Singal 9 ，多数访问了程序内部不该访问的地址 Signal 10 ‘bus error’，不常见，通常由糟糕的代码编写引起或用不正确的方式进行的