一种新的DNA序列图形表达的方法 - 计算机应用研究.PDF

第３１卷第１１期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３１Ｎｏ．１１ ２０１４年１１月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｎｏｖ．２０１４ 一种新的ＤＮＡ序列图形表达的方法 胡　扬，年晓红 （中南大学 信息科学与工程学院，长沙 ４１００８３） 摘　要：针对当前ＤＮＡ序列图形表达模式中存在简并现象的相关问题，提出了一种新的二元符号图形表达方 式。将四类碱基的编码过程看成是构成ＤＮＡ序列的元素在直角坐标平面上的移动过程，以两种不同的标志符 号来解决可能出现的元素重叠情况。此方案所标志的图形不存在自交现象，从而在 ＤＮＡ序列和图形表达之间 建立了一一对应的关系。通过实例说明该方法在对无向图和有向图表达中均能有效地降低图形简并度，并引入 人工代谢系统中的编码模式作为分析工具对ＤＮＡ序列进行比较分析；以代谢中间物值作为参数，研究不同物种 的ＤＮＡ序列之间的相似性。实例分析表明，该参数能较好地表征不同物种之间的相似性程度高低，是一种简便 可行的ＤＮＡ序列特征的比较方法。 关键词：ＤＮＡ序列图形表达；ＤＮＡ序列比较；代谢编码；Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ图形表达；人工代谢系统 中图分类号：ＴＰ１８２　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１４）１１３２２１０４ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１４．１１．００５ ＮｏｖｅｌｍｅｔｈｏｄｉｎＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ＨＵＹａｎｇ，ＮＩＡＮＸｉａｏｈｏｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｃｉｅｎｃｅ＆Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＣｅｎｔｒａｌＳｏｕｔｈＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１００８３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｏｐｏｓｅｄａｎｏｖｅｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｍｏｄｅｂａｓｅｄｏｎｂｉｎａｒｙｓｙｍｂｏｌｆｏｒｄｅｇｅｎｅｒａｃｙｉｎｕｎｄｉｒｅｃｔｅｄｇｒａｐｈａｎｄ ｄｉｒｅｃｔｅｄｇｒａｐｈｂａｓｅｄｏｎＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄｔｒａｎｓｆｅｒｄｔｈｅｃｏｄｉｎｇｐｒｏｃｅｓｓｆｏｒｆｏｕｒｂａｓｅｓｔｏｔｈｅｍｏｖｉｎｇｐｒｏｃｅｓｓｏｆｅｌｅ ｍｅｎｔｓｗｈｉｃｈｃｏｍｐｏｓｅｄＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｎｔｈｅｒｅｃｔａｎｇｕｌａｒｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ．Ｉｔｕｓｅｄｔｗｏｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｙｍｂｏｌｓｔｏｅｘｐｒｅｓｓｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇｅｌｅ ｍｅｎｔｓｉｎｔｈｅｋｉｎｄｏｆｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｇｒａｐｈｉｃａｌｃｕｒｖｅｃｏｕｌｄｎｏｔｏｖｅｒｌａｐｕｎｄｅｒｔｈｉｓｍｅｃｈａｎｉｓｍ．ＯｎｅＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅ ｈａｄｕｎｉｑｕｅｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｎｄｖｉｃｅｖｅｒｓｅ．Ｄｅｇｅｎｅｒａｃｙｉｎｕｎｄｉｒｅｃｔｅｄｇｒａｐｈａｎｄｄｉｒｅｃｔｅｄｇｒａｐｈｃｏｕｌｄｂｅｄｅｃｒｅａｓｅｄｉｎ ｓｏｍｅｅｘａｍｐｌｅｓｂｙｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄ．Ａｓａｔｏｏｌ，ｃｏｄｅｓｍｏｄｅｂａｓｅｄｏｎａｒｔｉｆｉｃｉａｌｍｅｔａｂｏｌｉｃｓｙｓｔｅｍｃｏｕｌｄｂｅｕｓｅｄｆｏｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔＤＮＡｓｅ ｑｕｅｎｃｅｓｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ．ＩｔｒｅｓｅａｒｃｈｅｄｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｉｎＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｎｉｍａｌｓｂａｓｅｄｏｎｍｅｔａｂｏｌｉｃｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ．Ｆｒｏｍｔｈｅ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓｉｔｃａｎｃｏｎｃｌｕｄｅｔｈａｔｔｈｅｐａｒａｍｅｔｅｒｃａｎｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｄｅｇｒｅｅａｍｏｎｇｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｎｉｍａｌｓａｎｄｉｔｉｓｃｏｎｖｅｎｉｅｎｔ ｍｅｔｈｏｄｆｏｒｄｉｓｃｕｓｓｉｎｇＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｆｅａｔｕｒｅ．