甜瓜β-氨基己糖苷酶基因家族的全基因组分析-广东农业科学.pdf

广东农业科学 2014 年第 8 期 185 甜瓜β- 氨基己糖苷酶基因家族的全基因组分析 赵爱奇 刘嘉荣 郝金凤 哈斯阿古拉 内蒙古大学生命科学学院/ 内蒙古自治区牧草与特色作物生物技术重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010021 冤 摘要 茁-氨基己糖苷酶(茁-Hexosaminidase, 茁-Hex, EC 2)是生物界广泛存在的一种糖苷水解酶遥 通过全 基因组信息鉴定甜瓜 茁-氨基己糖苷酶基因家族袁 初步在甜瓜全基因组数据 发现 5 个 -Hex 基因成员袁 采用 Pfam 等在线软件预测候选蛋白的 构域袁去除 2 个不完整的基因袁最后将筛选出的 3 个基因与拟南芥尧青椒尧番茄尧 可可树尧谷子尧葡萄和黄瓜的相应基因编码的蛋白序列进行进化分析比 尧建立系统发生树和保守基序的预测分析遥 果表明袁进化树亚族成员 基序相同袁并且在保守区序列高度相似曰亚族之间基序差异也较小袁保守区序列也具有 较高相似性遥 关键词 甜瓜曰茁-氨基己糖苷酶曰进化分析曰生物信息学 + 中图分类号院 Q343.1 2 文献标识码 A 文章编号 1004-874X 2014冤08-0185-04 Genome-wide analysis of -Hexosaminidase family genes in Cucumis melo ZHAO Ai-qi, LIU Jia-rong, HAO Jin-feng, HASI Agula (College of L ife Sc ie nc es , Inne r Mongolia Univ e rs ity/Inne r Mongolia Key Laboratory of He rbage 驭 Ende mic Crop Biote c hnology, Hohhot 010021, China) Abstract: 茁 -Hexosaminidase (茁 -Hex, EC 2) is one of glycosidases, have been shown to be universally distributed among most ty pes of liv ing organisms. 茁-Hexosaminidase family genes in Cuc umis me lo were genome -wide analyzed and 5 members of -Hex family genes were found in the melon genome database. W ith the analysis of protein structure prediction software such as Pfam, we removed 2 incomplete genes and filtered out 3 genes in C. me lo. These protein sequences were analyzed by multi -sequence aligned, w hich were similar in