蛋白质二级结构指定 - 生物信息学.pdf

第 １４卷 第３期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１４ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１６年０９月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｅｐ． ２０１６ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１６．０３．０９ 蛋白质二级结构指定 １ ２∗ 曹　 晨 ，马　 堃 （１．吉林大学计算机科学与技术学院，长春１３００１２； ２．江苏恒瑞医药股份有限公司，江苏 连云港 ２２２０４７） 摘　 要：蛋白质二级结构是指蛋白质骨架结构中有规律重复的构象。 由蛋白质原子坐标正确地指定蛋白质二级结构是分析 蛋白质结构与功能的基础，二级结构的指定对于蛋白质分类、蛋白质功能模体的发现以及理解蛋白质折叠机制有着重要的作 用。 并且蛋白质二级结构信息广泛应用到蛋白质分子可视化、蛋白质比对以及蛋白质结构预测中。 目前有超过２０ 种蛋白质 二级结构指定方法，这些方法大体可以分为两大类：基于氢键和基于几何，不同方法指定结果之间的差异较大。 由于尚没有 蛋白质二级结构指定方法的综述文献，因此，本文主要介绍和总结已有蛋白质二级结构指定方法。 关键词：蛋白质二级结构指定；蛋白质结构 － － － 中图分类号：Ｑ７１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１６）０３ １８１ ０７ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ １ ２∗ ＣＡＯ Ｃｈｅｎ ，ＭＡ Ｋｕｎ （１．Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｊｉｌｉｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｃｈｕｎ １３００１２，Ｃｈｉｎａ； ２．ＪｉａｎｇｓｕＨｅｎｇｒｕｉＭｅｄｉｃｉｎｅ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．，Ｌｉａｎｙｕｎｇａｎｇ Ｊｉａｎｇｓｕ２２２０４７，Ｃｈｉｎａ ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｆｅｒｓ ｔｏ ｒｅｇｕｌａｒ ｒｅｐｅａｔｉｖｅ ｓｕｂ⁃ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｎ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂａｃｋｂｏｎｅ． Ｔｈｅ ａｃｃｕｒａｔｅ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｆｒｏｍ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｔｏｍ ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｓ ｕｎｄｅｒｌｉｅｓ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ． Ｉｔ ｉｓ ａｌｓｏ ｖｅｒｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ， ｆｉｎｄｉｎｇ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｍｏｔｉｆｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎｓ，ａｎｄ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ｆｏｌｄｉｎｇ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｓ ｗｅｌｌ ａｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ， ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ａｎｄｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．Ｔｈｕｓ，ｐｒｏｔｅｉｎｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｓｓｉｇｎｍｅｎｔｉｓｓｔｉｌｌａｎａｃｔｉｖｅｒｅｓｅａｒｃｈｆｉｅｌｄｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ． Ｍｏｒｅ ｔｈａｎ ｔｗｅｎｔｙ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ