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KEGG相关软件的应用介绍 SIMCOMP(SIMilar COMPound)与SUBCOMP (SUBstructure matching of COM Pounds)是两种比较化学物质结构相似性并查询类似结构的工具，前者基于图形查询，而后者基于字符串方式。 KcaM(KEGG Carbohydrate Matcher)是用于分析碳水化合物糖链及多糖结构，并查找类似结构的工具。 e-zyme是预测给定反应对(反应物与产物)Ec次亚类的程序，运用RDM(the reaction center、the matched region、the difference region)模型从结构上识别。 PathComp是一种反应预测工具。输入两种化学物质，一种作为底物，另一种作为产物，通过运用已知酶促反应中底物与产物间的二元关系，预测可能发生的一系列反应，获得的结果可在KEGG途径图上查看 KEGG相关软件的应用介绍 KEGG相关软件的应用介绍 KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)是注 释未知基因功能信息的软件。 FMM(From Metabolite to Metabolite)主要从KEGG获取信息，构建将一种代谢物转化为另一代谢物的代谢途径。 网址：http://www.genome.jp/tools/kaas/ KEGG的自动注释 KEGG Automatic Annotation Server，KEGG的自动注释服务，简称KAAS。 用户可提交一段蛋白质序列或者基因序列 (fasta格式)，它自动在内部进行相似性比对，找到最相似的基因，并确定检索基因的KO分类，然后给出这些基因所在的代谢通路并以以不同的颜色标示这些基因。 代谢通路的着色——Mapper 利用KEGG提供的工具，在KEGG检索出来的代谢通路中给特定的一些化合物或者基因（酶）着色以高亮显示 网址：http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html FTP中提供的 下载数据子项目的说明 当使用KEGG数据库时，请参考阅读以下文章： Kanehisa, M.; Toward pathway engineering: a new database of genetic and molecular pathways. Science Technology Japan, No. 59, pp. 34-38 (1996). [pdf] Kanehisa, M.; A database for post-genome analysis. Trends Genet. 13, 375-376 (1997). [pubmed] Ogata, H., Goto, S., Sato, K., Fujibuchi, W., Bono, H., and Kanehisa, M.; KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 27, 29-34 (1999). [pubmed] [pdf] Kanehisa, M. and Goto, S.; KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 28, 27-30 (2000). [pubmed] [pdf] Kanehisa, M., Goto, S., Kawashima, S., and Nakaya, A.; The KEGG databases at GenomeNet. Nucleic Acids Res. 30, 42-46 (2002). [pubmed] [pdf] Kanehisa, M., Goto, S., Kawashima, S., Okuno, Y., and Hattori, M.; The KEGG resources for deciphering the genome. Nucleic Acids Res. 32, D277-D280 (2004). [pubmed] [pdf] Kanehisa, M., Goto, S., Hattori, M., Aoki-Kinoshita, K.F., Itoh, M., Kawashima, S., Katayama, T., Araki, M., and Hirakawa, M.; From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 34, D354-357 (20
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