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网络生物医学资源 课程内容 1.DNA和RNA数据库资源 2.蛋白质数据库资源 3.Gene Ontology网络资源 DNA和RNA数据库资源 近年来，随着生物实验方法和检测手段的发展，产生了大量的生物学的实验数据 这些数据进行分类整理，产生了生物学数据库 生物信息学数据库：核酸序列数据库，蛋白质序列数据库，蛋白质、核酸的二级结构和三级结构数据库，基因组数据库等。 DNA和RNA数据库发展过程 上世纪80年代第一个核酸数据库建立起来 核酸数据库发展迅速，目前已经 三大核酸数据库：GenBank, EMBL, DDBJ 非编码RNA数据库：ncRNA 表达序列标签数据库：dbEST 序列标签位点数据库：dbSTS 基因组相关数据库： 人类基因组数据库：HGD 基因组序列数据库：GSDB 人类孟德尔遗传在线：OMIM 人类单核苷酸多态数据库：dbSNP 肿瘤基因数据库：TGDB 疾病关联数据库：GAD GenBank数据库 GenBank数据库，由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心(NCBI)构建、维护和管理。 GenBank数据库包含了已经公开的30万个不同物种生物的核酸序列。 GenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核酸序列数据库(EMBL)和日本的DNA数据库(DDBJ)进行数据交换。 GenBank按照分类群分类 细菌(BCT) 病毒(VRLA) 灵长类(PRI) 啮齿类(ROD) GenBank测序策略分类 表达序列标签(EST) 基因组勘测序列(GSS) 环境样品序列(ENV) 高通量基因组(HTG) 高通量cDNA序列 全基因组鸟枪测序序列(WGS) 转录组鸟枪组合序列 如何利用GenBank GenBank 网站网址：/genbank/ Google Entrez系统 使用Entrez检索系统可以访问GenBank中的序列记录。 Entrez可以检索35个数据库。 Entrez系统包括GenBank和其它资源的DNA和蛋白质序列信息；还包括基因组图谱、种群、进化和环境序列数据集等等，还包括PubMed和PubMed Central的文献连接 NCBI：/ BLAST BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。 BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 三大核酸数据库：GenBank, EMBL, DDBJ Entrez系统 Entrez可以检索35个数据库 可以检索DNA和蛋白质序列信息 检索文献信息 Genbank，Fasta，Graphics BLAST 进化树 根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。 在进化树上每个结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度 。 EST EST(Expressed Sequence Tag) 表达序列标签. EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp PLOS Plos是公共科学图书馆(Public Library of Science)的缩写，是一些包括诺贝尔奖获得者在内的著名科学家在2003年创办的。 定位：a nonprofit open-access scientific publishing project aimed at creating a library of open access journals and other scientific literature under an open content license. PLOS的一大特点是其旗下所有包括PLOS One在的7种期刊都是采用开放获取(open access, OA)方式出版, PLOS和另一知名出版公司BioMed Central(BMC)被认为是开创OA出版方式的领先者。 PLOS ONE PLOS Biology PLOS Medicine PLOS Computational Biology PLOS Genetics PLOS Pathogens PLOS Neglected Tropical Diseases PLoS ONE是PLOS系列期刊中，2006年创刊，最大发文量 2011 论文发表量上万 影