mir156 靶基因spl 在植物中的系统分布和进化模式 - plant diversity.pdf

植 物 分 类 与 资 源 学 报摇 2012,34 (1):33~46 Plant Diversity and Resources摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 DOI:10.3724/ SP.J.1143.2012.11117 miR156 靶基因SPL在植物中的系统分布和进化模式分析* 1,2 1** 凌立贞 , 张书东 (1 中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质资源库, 云南 昆明摇 650201; 2 中国科学院研究生院, 北京摇 100049) 摘要:Squamosapromoter鄄bindingprotein鄄likegenes (SPLs) 在植物发育过程中具有重要作用。 很多SPLs 被 miR156调节, 然而, 对于它们在植物中的系统分布和进化模式还知之甚少。 本文对9个测序物种 (藻类, 苔藓, 石松, 单子叶和双子叶植物) 的183个SPLs 进行了生物信息学分析。 结果表明miR156 应答元件 (MREs) 仅在陆生植物SPLs 中发现, 藻类中不存在。 系统进化分析显示陆生植物SPLs分为两大分支: group I和group II。MiR156靶基因仅分布于group II, 表明它们有着共同的祖先。 Group II进一步分为7个 亚支 (IIa鄄IIg), miR156靶基因分布在除IId外的其余6个亚支的特定SPLs。 系统分类与基因结构的相关 性反映了SPL靶基因结构上的变化。 在进化过程中, 它们可能发生外显子的丢失且伴随MRE 的丢失。 另 外, 基因重复对SPL靶基因的丰度变化影响很大, 尤其是被子植物与低等植物分歧后它们数量明显增加。 以拟南芥为模式植物分析发现串联重复和片段重复是SPL靶基因扩张的主要机制。 关键词: 系统分析; 基因重复; 基因结构; microRNA; 转录因子 中图分类号: Q78摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文献标识码:A摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文章编号:2095-0845(2012)01-033-14 Unraveling the Distribution and Evolution of miR156鄄targeted SPLs in Plants by Phylogenetic Analysis 1,2 1** LING Li鄄Zhen ,ZHANG Shu鄄Dong (1 GermplasmBank of Wild Species,Kunming Institute of Botany,ChineseAcademy of Sciences,Kunming650201,China; 2 Graduate University of ChineseAcademy of Sciences,Beijing 100049,China) Abstract:Squamosapromoter鄄binding protein鄄like genes (SPLs) are critical during plant development and mostly regulated by miR156. However,littleisknownaboutphylogeneticdistributionandevolutionary patternsof miR156鄄 targetedSPLs. In this study,183 SPLs from nine genome鄄sequenced species representing algae,bryophytes,lyco鄄 phyte,monocots,and eudicotswere computationally analyzed. Our res