蛋白质β-折叠二聚体结合能的理论研究 - 中国科学.pdf

中国科学 B 辑 :化学 2009 年 第 39 卷 第 6 期 : 481 ~ 487 SCIENCE IN CHINA PRESS 蛋白质β-折叠二聚体结合能的理论研究 孙长亮, 王长生* 辽宁师范大学化学化工学院, 大连 116029 * 通讯作者, E-mail: chwangcs@ 收稿日期：2008-12-03; 接受日期：2009-02-25 摘要 使用B3LYP 和MP2 方法研究了17 个由甘氨酸多肽构成的具有反平行结构 关键词 和平行结构的β-折叠二聚体. 估算了在反平行结构中存在的H···H, O···O 二级静电排 β-折叠二聚体 斥作用的大小. 并以LR, SR, MR 为结构单元探讨了肽链长度的增加对体系的结合能 氢键 的影响. 结果表明在反平行的β-折叠二聚体中, 由于二级静电作用的影响, 随着肽 结合能 链长度的增加, 体系的结合能是以折线形式增强的, 而在平行结构中, 体系的结合 能随着肽链长度的增加呈线性增强关系. 1 引言 文以 17 个由甘氨酸多肽(polyglypeptide)构成的具有 蛋白质在生命体系中起着非常重要的作用. 蛋 反平行结构和平行结构的β-折叠二聚体为研究对象, [1,2]. 在蛋白 在 B3LYP 和 MP2 方法下使用不同基组计算得到了体 白质折叠一直是人们十分感兴趣的课题 质的二级结构中, 多肽链骨架局部肽段的卷曲折叠 系的结合能, 并进一步讨论了在反平行结构和平行 所形成的有规律的空间构象, 主要有α-螺旋(α-helix) 结构的β-折叠二聚体中, 肽链长度的变化对二聚体的 结构和β-折叠(β-sheet)结构. 其中β-折叠以其独特的 结合能的影响. 结构以及在生命体系中所起的重要作用引起了研究 2 模型和计算方法 者的广泛兴趣.[3~8] 近年来研究发现很多由蛋白质的 图 1 所示为本文研究的 17 个由甘氨酸多肽构成 错误折叠所导致疾病 , 如多纹状体脊髓变性病 的具有反平行结构和平行结构的β-折叠二聚体. 图中 (Creutzfeldt-Jakob), 老年痴呆症(Alzheimer’s disease), 虚线表示的是两个单体间形成的 N—H···O==C 氢键 亨丁顿氏舞蹈病(Huntington), 帕金森氏病(Parking- 相互作用. D1, D2, D3 是甘氨酸二肽构成的二聚体, son), 疯牛病(mad-cow disease)等都与蛋白质的β-折 [9~13] 其中D1, D2 是反平行结构, D3 是平行结构. 在D1 中, 叠有着重要的联系 . 通常认为β -折叠结构能够稳定存在是因为形成 两个N—H···O==C 氢键所形成的是 14 元环, 在 D2 中 了大量的分子间N—H···O==C氢键相互作用. Wu和 形成的是 10 元环, 而在 D3 中形成的是 12 元环, 本 Dannenberg等人研究发现在α-和 310-螺旋[14] 以及非天 文中我们将这三种情况分别定义为 LR, SR, MR. 从 然β-甘氨酸多肽[15] 折叠结构中存在的氢键协同效应, 图 1 我们可以看到, 随着肽链长度的增加, 在反平行 在天然 α - 甘氨酸多肽的β -