生物信息学 - 南方医科大学.doc

南方医科大学本科专业教学大纲 生物信息学 Ｂioinformatics 适用基础医学、临床医学、生物统计学专业 执笔人：邓亲恺（理论部分） 郭云波（实验部分） 审定人：邓亲恺 学院负责人： 南方医科大学教务处 二○○六年十二月 课程代码：B010038 一、课程简介 《生物信息学》为我校八年制临床医学专业，五年制基础医学本科专业，四年制统计学本科专业学生的必修课程，48学时、2学分。该课程系统介绍生物信息学的基本理论、核酸序列和蛋白质序列的基本知识及相关分析工具。主要内容包括核酸数据库、核酸序列相似性分析及多序列比对工具、核酸序列的预测和鉴定、核酸序列物理性质的计算；蛋白质序列分析及结构预测策略及蛋白质家族分析。学生学习时，要理论联系实际，掌握生物信息学数据处理方法，训练核酸序列分析、蛋白质序列分析方法，学习后能掌握生物信息学数据处理和生物学实验设计基本方法和技能，能熟练进行本专业相关实验的设计和数据处理。 “Bioinformatics”, 2 credit and 48 class hours, is a compulsory course for under-graduated students of Basic Medicine majors. The basic theory of bioinformatics is firstly introduced , and then the databases , the software tools about sequence analysis of nucleic acids and amino acids. The function and structure prediction of proteins are also emphasized. Following every chapter is a computer lab, so as to make the students be familiar with and grasp the arts of lab designing and data processing. 二、教学内容与要求 第一章 导论 【教学内容】 1.生物信息学的兴起。 2.什么是生物信息学。 3.生物信息学及其产业的回顾与展望。 4.生物信息学的教育与学习。 【教学要求】 1.了解生物信息学的起源。 ２.熟悉生物信息学的相关领域及研究对象。 第二章 核酸序列分析 【教学内容】 第一节 生物信息学数据库 一、核酸数据库 二、数据库格式 （一）ＦＡＳＴＡ格式 （二）ＧＢＦＦ格式 　第二节 序列数据库检索 一、Ｅntrez 　　（一）Ｅntrez的使用 第三节 核酸序列相似性分析 一、相似性搜索。 （一）ＢＬＡＳＴ。 （二）ＦＡＳＴＡ。 二、通过ＢＬＡＳＴ发现序列的生物学意义。 三、序列相似性检索的原则。 四、序列双重比对。 五、序列相似性的显著性评价。 第四节 核酸的多序列比对 　一、多序列比对的定义。 　二、多序列比对工具。 　三、多序列比对实例。 第五节 构建进化树 　一、什么是系统发生。 　二、系统发生树。 　三、如何构建进化树。 　四、进化树构建实例。 第六节　核酸序列的预测与鉴定 一、基因结构与功能的简介 二、核酸序列预测与鉴定 三、序列中载体污染的判定 四、屏蔽重复序列 五、开放阅读框的识别 六、CpG岛 七、基因编码区的预测 （一）启动子与转录子结合位点的识别 （二）其他顺式作用元件的预测 （三）剪接位点的预测 （四）转录终止信号 （五）密码子偏好性分析 八、基因序列的从头分析 九、DNA序列分析总结 第七节 核酸序列物理性质的计算 一、核酸序列基本性质的计算 二、基于核酸序列的DNA曲率计算 三、核酸序列三维结构的计算 【教学要求】 1． 熟悉三大序列数据库及其数据格式。 2． 掌握序列检索方法。 3． 掌握核酸多序列比对原理及工具使用。 4． 熟悉系统发生树血的生成、生理功能及其运行。 5． 掌握核酸序列的预测与鉴定。 6． 了解核酸序列物理性质的计算。 第三章 蛋白质序列分析 【教学内容】 第一节 蛋白质数据介绍一、序列数据库。 二、模体及结构域数据库。 第二节 蛋白质序列分析 一、蛋白质序列信息的获取。 （一）测序 （二）翻译编码的DNA序列 （三）在数据库中搜索 二、蛋白质序列的格式化 三、序列分析 （一）序列比对的打分系统 （二）序列数据库搜索 （三）模体搜索 （四）点矩阵 第三节 蛋白质序列分析及结构预测策略 一、实验设计 二、蛋白质序列数据 三、序列数据库搜索 （一）相似性搜索 （二）模体搜索 四、结构域定位 五