野生型工业酿酒酵母miseq 测序方法的建立development of a method .pdfVIP

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2017-09-02 发布于天津
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野生型工业酿酒酵母miseq 测序方法的建立development of a method

基因组学与应用生物学，2014 年，第33 卷，第3 期，第655-660页 Genomics and Applied Biology, 2014, Vol.33, No.3, 655-660 技术主题 Technology Feature 野生型工业酿酒酵母Miseq 测序方法的建立 1* 2* 1 1,2 ** 曹德民张穗生罗贞贞黄日波 1 广西大学生命科学与技术学院, 南宁, 530003; 2 广西科学院广西生物炼制重点实验室, 非粮生物质酶解国家重点实验室, 国家非粮生物质能源工程技术研究中心, 南宁, 530007 * 共同第一作者 ** 通讯作者, rbhuang@gxas.ac.cn 摘要新一代测序方法在基因组学研究应用日趋广泛，已经成为工业酿酒酵母菌株基因组学研究的重要技术平台，但对工业酿酒酵母新一代测序技术方法缺乏详细报道。Miseq 是小型新一代基因组测序仪，本文报道我们自建的野生型工业酿酒酵母基因组Miseq 测序方法。该方法包括：制备分离a 型和型交配型的 α 单倍体菌株、采用电泳和分光光度法方法监控基因组文库建立、优化上机文库浓度后测序。其中电泳和分光光度法方法为首创的文库质量监控简易方法，质控检测得到酿酒酵母工业菌株测序条件为：菌株的基因组文库DNA 片段大小为250~850 bp 且主要集中在350~550 bp，文库浓度范围为7~13 ng/μL ；上机测序文库的优化浓度为20 pM。关键词酿酒酵母, 野生型工业菌株, Miseq, 基因组测序方法, 文库质量 Development of a Method to Sequence a Wild-type Industrial Strain of Sac- charomyces cerevisea with Miseq Cao Demin 1* Zhang Suisheng 2* Luo Zhenzhen 1 Huang Ribo 1,2** 1 Life Science and Technology College, Guangxi University, Nanning, 530003; 2 Guangxi Key Laboratory of Biorefinery, State Key Laboratory of Non-food Biomass and Enzyme Technology, National Engineering Research Center for Non-food Biorefinery, Guangxi Academy of Science, Nanning, 530007 * The authors who contribute equally ** Corresponding author, rbhuang@gxas.ac.cn DOI: 10.13417/j.gab.033.000655 Abstract Next-generation DNA sequencing technology has become one of the most wilely used genomics tools and an important tools platform to investigate industrial yeast genome. However, there have not yet been any de- tail reports concerning how to sequence the genome of industrial S. cerevisea strain. Miseq is a bench-top next-generation sequencer. Here we reported an efficient self-design protocl of sequencing the genome of wild-type industrial S. cerevisea strain with Miseq. The key steps of the method include: Preparation