WebShow 交互式网页版展示说明 - bioRxiv.PDF

WebShow 交互式网页版展示说明 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 科技服务部微生物事业部 目录 一、网页版 OTU 热图（OTU Heatmap）结果查看和解读2 1. 文件结构2 2. 结果查看步骤2 3. 结果解读3 二、网页版物种注释堆积图（Taxa summary）结果查看和解读3 1. 文件结构3 2. 结果查看步骤3 3. 结果解读5 三、网页版物种注释可视化圈图（Krona）结果查看和解读6 1. 文件结构6 2. 结果查看步骤6 3. 结果解读6 四、网页版Alpha 多样性（Alpha Rarefaction ）结果查看和解读7 1. 文件结构7 2. 结果查看步骤7 3. 结果解读8 I 一、网页版 OTU 热图（OTU Heatmap）结果查看和解读 1. 文件结构 网页版展示结果，见：result/Webshow/OTU_heatmap/sorted_otu_table.html ； 网页配置文件，见：result/Webshow/OTU_heatmap/js/* 。 2. 结果查看步骤 2.1 用浏览器打开sorted_otu_table.html 文件，得到如下显示： 2.2 在输入框中输入筛选数字，点击Sample ID 或Taxonomy 按钮选取不同方式对筛选 方式进行展示 a. 筛选数字的选择（Filter by Counts per OTU ）：此处的筛选条件是按照每个OTU 在各 个样品中的已注释Tags 数目的总数进行筛选，默认的筛选值是5，但其实这个阈值并没 有很推荐的经验值，选取的条件建议依据老师的研究环境和已有经验，以及希望解释的 生物学问题筛选即可。如果老师重点关注感兴趣的物种，可将阈值尽量设小以展示更多 的结果；而如果老师比较关注高丰度的物种，可适当将阈值调高，在展示时将低丰度物 种过滤掉。 b. 点击“Sample ID”时，呈现的结果是每个样本在每个OTU 上的Tags 数目，此时鼠标 每指到一个OTU 时，就会显示该样本在该OTU 中注释到的物种信息。 c. 点击“Taxonomy”时，则会将所有样本的所有OTU 注释物种信息显示出来，您可以同 时按住ctrl+F ，在左下角会显示出搜索框，输入您所关心的菌种名或属名等等信息，可 以看到该菌在样本中被注释到的情况。 2 3. 结果解读 Heatmap 数字表示某个样品中某个OTU 或分类所包括的Tags 数目，每一对样品名 和OTU 对应的网格中的颜色表示该OTU 或分类所包括的序列（Tags ）数目水平，蓝色 表示低，红色表示高。 OTU 的编号与结果文件中的OTU_table 中编号一致，按照reads 数目的由多到少排序。详细信息可以参考 /1.3.0/tutorials/tutorial.html#make-otu-heatmap ，简要可以参考下图。 二、网页版物种注释堆积图（Taxa summary）结果查看 和解读 1. 文件结构 网页版展示结果，见：result/Webshow/taxa_