qtl定位一般方法 - abc.pdf

Cloning Rice Grain Size Gene and Its Uitilization Reporter: Deng hongzhong Liu chaolei Cui yongtao Zhao ge 粒重——水稻产量的重要构成因素 • 产量构成三要素：每亩穗数、穗粒数和粒 重 • 影响粒重因素：长度、宽度和厚度，属于 数量性状（QTL ） • QTL：quantitative trait locus，微效多基因 控制的，也存在由少数主效基因控制 The variations of rice grain shape QTL定位一般方法 确定重要 构建定位群体 定位相应性状基因 农艺性状 如F2、RIL、DH 获得序列信息 运用于育种实践 保存到数据库 确定该基因的功能 文献搜索 利用NCBI中PubMed高级搜索引擎搜索到73篇相关文献, 其中： 16 free full-text articles 9 reviews 5 years：45 10 years：68 最感兴趣两篇文章： Genetic bases of rice grain shape:so many genes, so little known （review） GS3, a major QTL for grain length and weight and minor QTL for grain width and thickness in rice, encodes a putative transmembrane protein 目前研究成果： Cloned genes associated with grain shape and weight in rice GS3：a major QTL for grain length and weight 因为尚未开始实验，没有数据（原始序列 信息），所以我们将基因序列已知、功能 已鉴定的GS3，当作刚定位到的基因结构 、功能未知序列，运用生物信息学软件来 进行分析。主要是熟悉思路，便于我们以 后科研工作。 GS3：AB488612.1(Genbank 登录号,原始序列) 运用Weblab 中coderet软件分析获得CDS及 蛋白序列（编码232AA ） 运用Blast进行序列比对 运用Blast进行序列比对 序列比对结果表明： 1）前区段序列几乎完全相同（推测可能为保守序列），后 区段序列差异较大； 2 ）阅读相似性较高的序列发现：所有蛋白亚细胞定位于细 胞质中；它们的功能作为信号转换器而存在。如相似度为 82%的K4ALQ7，作为信号途经G-蛋白协同受体。 推测：GS3编码蛋白位于细胞质，可能是一种信号转换器 Swiss-Pdbviewer结果 将蛋白序列导入Swiss-Pdbviewer中发现：GS3编码的 蛋白结构单一，为无折叠、无回旋的棒状结构 SOSUIauf Result 该蛋白多肽链上间隔存在亲水 区段；疏水区段主要位于中间 偏后位置。预测跨膜区也存在 后半段。 SOSUI预测跨膜区段 存在两个跨膜区段，分别为氨基端残基第92-114； 177-199，长度均为23AA。 Pepwheel: 该蛋白在细胞膜上模型 神经生长因子受体 结论：GS3基因控制着