基于h1n1型禽流感病毒的ha 蛋白序列进化树研究 - 计算机应用研究.pdf

第３２卷第９期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ３２Ｎｏ９ 　 　 ２０１５年９月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｓｅｐ．２０１５ 基于Ｈ１Ｎ１型禽流感病毒的ＨＡ 蛋白序列进化树研究 薛晓丽，李　阳，唐旭清 （江南大学理学院，江苏无锡２１４１２２） 摘　要：为了从本质上揭示Ｈ１Ｎ１病毒分子的变异、流感流行等关系，提出一种构建Ｈ１Ｎ１病毒进化树新方法。 在１９０２—２０１３年全球２２４５５条Ｈ１Ｎ１型禽流感病毒ＨＡ蛋白质序列数据的基础上，利用其特征向量构建基于内 积的ＨＡ蛋白质序列相似度。采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取。最 后，利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法进行Ｈ１Ｎ１型禽流感病毒ＨＡ蛋白质序列的进化树研究，将病毒分为 ３３大类。进一步分析表明，Ｈ１Ｎ１病毒的变异不仅与爆发时间密切相关，还与所分布地域及地域间的距离有很 大关系，即分布地域间的距离越近，爆发的病毒进化的相似程度越高。对大量的病毒进行进化树分析，从宏观角 度体现了各类病毒之间的进化关系。 关键词：Ｈ１Ｎ１病毒；ＨＡ蛋白序列；模糊邻近关系；结构聚类；进化树 中图分类号：ＴＰ３９１　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１５）０９２６３４０５ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１５．０９．０１８ ＲｅｓｅａｒｃｈｏｎｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｔｒｅｅｆｏｒＨ１Ｎ１ｆｌｕｖｉｒｕｓ ｂａｓｅｄｏｎＨＡｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ＸｕｅＸｉａｏｌｉ，ＬｉＹａｎｇ，ＴａｎｇＸｕｑｉｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＳｃｉｅｎｃｅ，ＪｉａｎｇｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＷｕｘｉＪｉａｎｇｓｕ２１４１２２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｏｐｏｓｅｄａｎｅｗｍｅｔｈｏｄｆｏｒｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｔｒｅｅｏｆＨ１Ｎ１ｆｌｕｖｉｒｕｓｉｎｏｒｄｅｒｔｏｒｅｖｅａｌｔｈｅｒｅｌａ ｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｖａｒｉａｔｉｏｎｏｆＨ１Ｎ１ａｎｄｅｐｉｄｅｍｉｃｓ．Ｆｉｒｓｔ，ａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｔｈｅ２２４５５ＨＡｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａｏｆ Ｈ１Ｎ１ｆｌｕｖｉｒｕｓｉｎ１９０２—２０１３，ｉｔｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｔｈｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｏｆＨＡｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅｅｉｇｅｎｖｅｃｔｏｒｓｂａｓｅｄｏｎｉｎｎｅｒ ｐｒｏｄｕｃｔ．Ｔｈｅｎ，ｉｔｅｘｔｒａｃｔｅｄｃｏａｒｓｅｇｒａｉｎｅｄｓｉｍｉｌａｒｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｄａｔａｓｙｓｔｅｍａｔｉｃａｌｌｙｂｙｉｎｔｒｏｄｕｃｉｎｇｃｏｍｐｌｅｔｅｇｒａｐｈｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｂａｓｅｄｏｎｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ．Ｆｉｎａｌｌｙ，ｉｔｓｔｕｄｉｅｄｔｈｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｔｒｅｅｆｏｒＨＡｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＨ１Ｎ１ｆｌｕｖｉｒｕｓｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄｏｎｆｕｚｚｙｐｒｏｘｉｍｉｔｙｒｅｌａｔｉｏｎｓ，ａｎｄｇａｉｎｅｄ３３ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓｏｆｔｈｅｖｉｒｕｓ．Ｆｕｒｔｈｅｒａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｓｔｈａｔｔｈｅｍ