鲤鱼cystatin 的同源模型及分子动态模拟 - 台北科技大学.pdfVIP

鯉魚 cystatin的同源模型及分子動態模擬 劉宣良*,蘇永成 國立台北科技大學化學工程系暨生物科技研究所 係。 摘要 Cystatin 為半胱胺酸蛋白酶中木瓜蛋 本實驗的目的為利用電腦分子模擬的 白 (papain)的蛋白酶抑制物，其廣泛分佈於 方法以已知結晶結構的雞蛋白 cystatin 架 自然界的動植物中， Cystatin 早期為 構鯉魚卵 cystatin的結構。由九組多重胺 Barrett 在 1981 年由雞的蛋白中純化出 基酸序列比對實驗中，我們得到序列相似 來，因其對 cysteine peptidase 有抑制能 度 最 高 (36.11%) 之 chicken egg white 力，所以命名為 cystatin[3] ，爾後凡是構 cystatin 為本實驗的模板蛋白，利用同源 形上或是功能上與其相近的蛋白質皆稱為 模擬法建構目標蛋白結構。由能量最適化 cystatin 。 後的結構來觀察，兩個蛋白質主鏈重疊可 依據蛋白質序列及演化分析，cystatin 看出其主鏈立體位置座標大致相似，再從 主要又可分為三個 family[4] ，分別為 守恆區域的位置比較，以模板蛋白的立體 stefins (family 1) 、cystatins (family 2)和 座 標 為 基 準 ， 目 標 蛋 白 的 守 恆 區 kininogens (family 3) 。Stefins 的分子量約 Q48-V49-G52 、P98-W99 和二個雙硫鍵 為 11 kDa ，其特徵為不具有雙硫鍵和醣 (cys67-cys76, cys90-cys110)均極度守恆。 基，也不具有 signal sequence ，主要代表 的分子量 但從二級結構來看，目標蛋白的二級結構 為 stefin A 和 stefin B ；cystatins 比模板蛋白少了 β1和 β5 。經在300K 下 稍大於 stefins ，約為13 kDa ，它具有signal 400ps的動態模擬後，發現兩蛋白在水溶 sequence及四個守恆的 cysteine 構成兩對 液中結構頗為穩定，但從主鏈均方根偏差 雙硫鍵，並可被醣化及磷酸化，主要代表 值的分析中可看出模板蛋白比目標蛋白的 為 cystatin C 、D 、E/M 、F 、S 、SN 、SA[5] ， 結構來得穩定。 而最早由 Barrett 所純化的雞的蛋白 cystatin和本實驗所要架構鯉魚卵 cystatin 1. 前言 皆屬於 family 2的 cystatin ；kininogens的 鯉魚是在水中產卵、受精，所以會發 分子量介於 60-120 kDa ，它可被醣基化並 生精子聚集和多重受精的問題，而精子若 具有三個重複的 family 2 之 cystatin的 不能聚集在卵子附近，則不能有效的受