蛋白质无稳定区域的序列与功能分析-专题周记系统.PDF

蛋白質無穩定區域的 序列與功能分析 指導教授 : 游景盛 老師 專題成員 : 陳乃華、洪潔慧 報告日期 : 2012年11月30 日 目錄  研究動機  研究目的  系統設計  功能說明  專題實作與展示 2 研究動機(1/2)  蛋白質序列無穩定區域 ◦缺乏穩定的三維結構 ◦精準的預測工具 虛線部分即代表缺乏 固定三維結構之無穩 定區域 3 研究動機(2/2)  無穩定區域相關功能查詢系統 ◦不同設計目的的資料庫 ◦蛋白質序列無穩定區域 ◦蛋白質序列功能註解 4//20 研究目的  蛋白質序列無穩定區功能相關搜詢  蛋白質序列無穩定區域的分析 5 系統設計  資料來源  分析工具說明  亂度分析  功能說明  網站架構 6//20 資料來源  Swiss-Prot 資料庫 ◦ 最完整的蛋白質序列註解網站 ◦ 經過嚴格的資料篩選 ◦ 已跟TrEMBL資料庫整合為UniProt資料庫  DisProt 資料庫 ◦ 提供序列中含有無穩定區域的蛋白質資料 ◦ 專業的蛋白質無穩定區域研究團隊 ◦ 預測無穩定區域的精準度達70~83% 7//20 分析工具說明(1/4)  BLAST - Basic Local Alignment Search Tool ◦ 比對蛋白質一級序列的演算法 ◦多條序列的同源性分析 ◦序列中胺基酸的同源性偵測 ◦PSI – BLAST  PSSM - Position specific scoring matrix  特殊位置得分矩陣  SDSE tool - (Chan, 2004, Proteins) ◦Sequence Derived Structural Entropy ◦ASA SS profile 8 分析工具說明(2/4)  Position specific scoring matrix ◦相似序列中某位置胺基酸的變化 ◦某位置胺基酸被其他胺基酸取代的比值 9//20 分析工具說明(3/4)  結構特徵子(Structural Descriptor) ◦ASA – Relative Accessible Surface Area  胺基酸暴露於外的表面積  根據胺基酸可溶於水的表面積 占整個胺基酸表面積的比例可分三類:  0-9%為埋沒的(Buried)  9-36%為居中的(Intermediate)  36- 100%為暴露的(Exposed) 10//20 分析工具說明(4/4)  結構特徵子(Struct