黄瓜csccd7基因的核酸和蛋白质序列分析 - 中国农学通报.pdf

中国农学通报 2011,27(8): 172-180 Chinese Agricultural Science Bulletin 黄瓜CsCCD7基因的核酸和蛋白质序列分析 1 2 徐庆华 ，胡宝忠 1 2 （东北农业大学成栋学院，哈尔滨150030；东北农业大学生命科学学院，哈尔滨150030） 摘 要：为了研究CsCCD7 蛋白的生物学功能，并为CsCCD7 的表达调控提供理论依据，使用一系列生物 信息学软件、数据库和在线程序，对黄瓜CsCCD7 核酸序列及蛋白序列进行分析。结果表明，CsCCD7 开 放阅读框长1665 bp ，编码554 AA ，与CCD7 蛋白同源性高；预测CsCCD7 位于黄瓜第6 号染色体上、基因 全长含7 个外显子和6 个内含子。CsCCD7 分子量是62.7 KDa 、是不稳定蛋白；其蛋白序列中富含磷酸 化位点；此蛋白为非分泌型蛋白、无跨膜结构域；预测其定位于叶绿体；此蛋白二级结构预测表明β折叠 和β转角加起来的量多于α螺旋的量、为亲水性蛋白质；其二级结构和三级结构预测显示属于类胡萝卜素 双加氧酶家族成员。CsCCD7 属于CCDs 蛋白家族成员，为黄瓜腋芽生长抑制基因的同源基因，可能在 黄瓜腋芽生长和发育阶段对独角金内酯的合成和信号转导途径中起到重要作用，CsCCD7 有进一步研 究的价值。 关键词：黄瓜；CCD7 ；生物信息学分析；染色体定位；蛋白亚细胞定位 中图分类号：S6 文献标志码：A 论文编号：2010-3305 NucleotideandProteinSequencesAnalysisofCsCCD7inCucumissativusL. 1 2 Xu Qinghua , Hu Baozhong 1 ( CollegeofChengDong,NortheastAgricultureUniversity, Harbin 150030; 2 CollegeofLifeScience,NortheastAgricultureUniversity, Harbin 150030) Abstract:The aim was to analyze the nucleotide and protein sequences of CsCCD7, and provide the theoretical bases to understand the biological functions of unknown proteins. Using a series bioinformatics software, database and online programs, the nucleotide and protein sequences of CsCCD7 were analyzed. The results showed that the ORF of CsCCD7 consisted of 1665 bp, and encoded a 554 AA protein which was homologous with carotenoid oxygenase 7; CsCCD7 was located at Chromosome 6 in cucumber