短小芽孢杆菌木聚糖酶的同源建模及分子动力学模拟 - 华侨大学学报 .pdfVIP

第 卷 第 期 华 侨 大 学 学 报 （自然 科 学 版 ） ３２ ３ Ｖｏｌ．３２ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 年 月 （ ） ２０１１ ５ ＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｕａｉａｏＵｎｉｖｅｒｓｉｔ ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ Ｍａ．２０１１ 　 　 ｑ ｙ ｙ 文章编号： （ ） １０００５０１３２０１１０３０２９６０４ 　 　 短小芽孢杆菌木聚糖酶的同源建模 及分子动力学模拟 葛慧华，李红春，张光亚 （华侨大学 化工学院，福建 泉州 ３６２０２１） 摘要： 克隆并测序来源于短小芽孢杆菌的木聚糖酶基因，测定其编码产物的理化性质并鉴定其表达产物为 　 常温酶蛋白 利用同源建模构建出具有较高精度的三级结构模型，并进行优化和评估 利用分子动力学模拟木 ． ． 聚糖酶基因对热不稳定的分子机制，了解影响该酶热稳定性的因素，寻找对热不稳定性的区域 通过与嗜热 ． 木聚糖酶比较发现，两者在 个区域的分子动力学行为存在较明显的差异 ３ ． 关键词： 木聚糖酶；短小芽孢杆菌；同源建模；热稳定性；分子动力学模拟 　 中图分类号： ； 文献标志码： Ｑ７１ Ｑ５５ Ａ 　 　 木聚糖酶（ ）是一种重要工业用酶，属于 ／ 和 ／ 家族 由于 ／ 家族的木聚糖 ＥＣ３．２．１．８ Ｆ１０ Ｇ １１ ． Ｇ １１ ［］ １ 酶分子更小，且其结构较为简单，更适合作为理论研究分子的模型 ，用于极端条件下木聚糖酶催化模 式系统及蛋白质分子折叠机理等的研究 分子动力学模拟能提供在不同温度下，极短时间内蛋白分子构 ． ［ ］ 象的变化，是研究蛋白质去折叠或者变性机理的重要手段，它有着实验无法比拟的优势 ２３ ．然而，国内 ［， ］ 大多数分子动力学研究主要集中于小分子物质，而对生物大分子的研究相对较少 ２４５ ．本文获取了来源 于短小芽孢杆菌木聚糖酶基因，测定其编码产物的理化性质，构建出具有较高精度的三级结构模型，并 进行了分子动力学模拟． １ 材料与方法 　 １．１ 材料 　 短小芽孢杆菌（ ，