mega 可用于序列比对、进化树的.pdfVIP

MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用 于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网 络（NCBI ）进行序列的比对和数据的搜索。 打开软件 选择Alignment Alignment Explorer/CLUSTAL ，出现一个对话框： 根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment ”，出现： 根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes ”，出现： Date Open Retrieve Sequences from File ，选择已在Clustal X 中已对齐的格式文件 [CLUSTAL 文件(.aln)]，如下图： 选择之后，得到： 双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X 版本无法识别原FASTA 文件名的，在这里就可以 修改了，就像我用汉化版的Clustal X 1.81 不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下： 右键菜单点击删除Clustal X 中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”， 以便下次再用。然后再补充一下，此软件整合了Clustal X 程序，菜单Alignment 中选择“Align by ClustalX ”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框： 选择默认设置，点击OK 就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和 多序列比对的过程： 等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框： 选择Yes ，出现： 输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES 出现: 当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单： 选择主界面中的Phylogeny 菜单，Bootstrap Test of Phylogeny Neighbor-joining… Bootstrap 选择 1000 次重复，模型选择核酸p-distance 。Compute 后，得出系统结构树，如 下： 替换成辐射图：