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mega 可用于序列比对、进化树的
MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用
于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网
络(NCBI )进行序列的比对和数据的搜索。
打开软件
选择Alignment Alignment Explorer/CLUSTAL ,出现一个对话框:
根据提示内容,进行选择,在此我选择第一个“Create a new alignment ”,出现:
根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择,在此我选择“Yes ”,出现:
Date Open Retrieve Sequences from File ,选择已在Clustal X 中已对齐的格式文件
[CLUSTAL 文件(.aln)],如下图:
选择之后,得到:
双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X 版本无法识别原FASTA 文件名的,在这里就可以
修改了,就像我用汉化版的Clustal X 1.81 不可以识别某些序列文件名) ,修改后如下:
右键菜单点击删除Clustal X 中附带的“※”号行,修改文件名后可以保存“当前比对结果”,
以便下次再用。然后再补充一下,此软件整合了Clustal X 程序,菜单Alignment 中选择“Align
by ClustalX ”即可。选择所要比对的序列,单击后出现下面这个对话框:
选择默认设置,点击OK 就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框,显示的是两两比对和
多序列比对的过程:
等待其运行完成后,可以保存,也可以直接删除,出现对话框:
选择Yes ,出现:
输入一个名称,如SIV-N2,接下来几步类似,保存后点YES 出现:
当这个序列数据界面出来后,注意软件的主界面发生了一定的变化,多出了几个功能菜单:
选择主界面中的Phylogeny 菜单,Bootstrap Test of Phylogeny Neighbor-joining…
Bootstrap 选择 1000 次重复,模型选择核酸p-distance 。Compute 后,得出系统结构树,如
下:
替换成辐射图:
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