蛋白质三维结构化学.docVIP

第5章 蛋白质的三维结构化学 教学目的：使学生掌握蛋白质的二、三、四级结构，了解超二级结构和结构域 教学重点：蛋白质的二级结构 教学难点：结构域 教学方法及手段：多媒体 教学内容： 一、研究蛋白质构象的方法 （一）X射线衍射法 （二）研究溶液中蛋白质构象的光谱方法 1、紫外差光谱 2、荧光和荧光偏振 3、圆二色性 4、核磁共振 二、稳定蛋白质三维结构的作用力 维持蛋白质三维结构的力主要是非共价力(次级键),包括氢键、范得华力、疏水力和盐键（离子键）。此外共价二硫键在稳定蛋白质构象方面也具有重要作用。 三、多肽链折叠的空间限制 （一）肽平面与α-碳原子的二面角（ψ和φ） 肽键是一种酰胺键，通常用羰基碳和酰胺氮之间的单键表示，主链上三种键（Cα-C，C-N和N-Cα）是单键，所以原则上可绕轴自由旋转，但酰胺氮上的孤对电子与羰基氧具有明显的共轭作用。共扼的结果：C-N键具有40%双键的性质，C=O具有40%单键的性质，限制了C-N键的自由旋转。 α-碳原子的二面角（ φ；ψ）决定了相邻肽单位的相对位置，许多α-碳原子成对的二面角决定了多肽链主链骨架的构象，因此多肽链住链的构象都用φ和ψ二面角来描述。 理论上推测α-碳原子的两个单键可以在-180o与+180o间自由旋转，蛋白质会有无数构象，但实际上蛋白质的空间构象数目很少，往往具有一种或几种具有生物学活性的构象， 因为α-碳原子上的两个单键的旋转受多种因素限制。 （二）可允许的φ和ψ值:拉氏图 α-碳原子的二面角允许的范围时多少,印度学者Ramachandran G N等人根据原子的范德华半径确定了非键合原子间德最小接触距离(允许距离). 根据此最小接触距离，确定哪些成对二面角（ φ和ψ）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并在横坐标（ φ）对纵坐标（ ψ ）所作的φ-ψ图上标出。该图叫拉氏图。 四、二级结构：多肽主链的局部规则构象 主要有a-螺旋、b-折叠、b-转角和无规则卷曲。 （一）a-螺旋 1、α-螺旋结构是1950年Pauling L等人提出的,是纤维状蛋白和球状蛋白中均存在的结构. 2、螺旋中每个α-碳的二面角φ和ψ分别在-57o和-47o附近,多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基；两个氨基酸之间的轴心距为0.15nm.每个氨基酸残基的倾角为100度. 3、氨基酸的R基伸向外侧,如果R基不计算在内,螺旋的直径为0.5nm. 4.相邻的两个螺旋圈间形成氢键.氢键的取向几乎与轴平行，第一个氨基酸残基的酰胺基团的-CO基与第五个氨基酸残基酰胺基团的-NH基形成氢键。氢键的通式: 5、天然蛋白质有的为右手螺旋,有的为左手螺旋,但天然蛋白质绝大多数为右手螺旋.左手螺旋很少。 6、多肽链在形成螺旋时具有协同性,一旦形成了一圈α-螺旋随后的氨基酸残基形成螺旋将即容易又快速. 7.、α-螺旋是不对称分子,具有旋光能力.是α-碳原子的不对称性和α-螺旋构象的不对称性的总反映. 8、非典型的螺旋结构 天然蛋白质还有许多非典型的螺旋结构,为了表示螺旋结构,常采用一种表示方法:ns.n表示螺旋每上升一圈的氨基酸残基数,s表示H键封闭环内参与共价结构的原子数, 典型的α-螺旋结构表示为3.613. 非典型的螺旋有3.010、4.416. 9、影响a-螺旋稳定因素 稳定因素是链内氢键.氢键能否形成与多肽链的氨基酸组成有关，如果多肽链中出现脯氨酸,螺旋不能形成。 影响因素： 氨基酸R基大小,较大的氨基酸残基的R基集中的区域,不利于α-螺旋的形成.如多具异亮氨酸由于在它的α-碳原子附近有较大的R基,造成空间阻碍,不能形成α-螺旋. 氨基酸R基的带电情况,如在pH7时,多聚丙氨酸能形成α-螺旋,多聚赖氨酸则不能.在pH13时多聚赖氨酸能自发形成α-螺旋. 脯氨酸和羟脯氨酸存在时,不能形成α-螺旋.因为脯氨酸和羟脯氨酸的α-碳原子和氨基参与R基吡咯环的形成,在形成肽键后无多余的H参与氢键的形成. （二）b-折叠 (b-片或b-构象) b-pleated sheet 1、b-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，肽链的主链呈锯齿状折叠构象,Cα-位于锯齿的顶角。R与折叠面垂直。 2、b-折叠有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。反平行的结构更稳定. 3、 b-折叠中的每条多肽链叫b-股， b-折叠也具有重复结构，重复单位含2个氨基酸残基。反平行中的重复周期长度为0.7nm（每个氨基酸残基长0.35nm )，平行的为0.65nm(每个氨基酸残基长0.325nm） 4、