GPU在生命科学领域的应用.pdf

GPU在生命科学领域的应用 。 多GPU 应用 描述 支持功能 加速比 发布情况 支持 生物信息学Bioinformatics BarraCUDA 序列匹配软件 短序列读取对齐 6-10倍 支持 版本0.6.2 在GPU上的Smith- 并行搜索Smith- CUDASW++ Waterman蛋白质数据库搜 10-50倍 支持 版本2.0.8 Waterman数据库 索的开源软件 Parallel, accurate long read aligner CUSHAW short read aligner - gapped 10倍 支持 版本1.0.40 alignments to large genomes 快速k-tuple heuristic本 根据BLASTP多CPU GPU-BLAST 3-4倍 单GPU 版本2.2.26 地搜索 线程进行蛋白质校准 并行化隐马尔科夫过程局部 并行化隐马尔科夫过 60-100 GPU-HMMER 支持 版本2.3.2 和全局搜索 程局部和全局搜索 倍 mCUDA- 基于MEME的超快可扩展的 基于MEME的超快可扩 4-10倍 支持 版本3.0.12 MEME motif发现算法 展的motif发现算法 平行对齐多个查询序 MUMmerGPU 高通量DNA序列比对程序 3-10倍 支持 版本2 列与参考序列 HW SW for reference 一个GPU加速的序列分析工 SeqNFind assembly, blast, 400倍 支持 有 具 SW, HMM, de novo assembly 开源 Smith-Waterman for SSE/CUDA, Suffix array UGENE 快速短读校准 6-8倍 支持 版本1.11 based repeats finder