裸子植物DNA条形码ITS2高通用性引物的筛选-PlantDiversity-中国.PDF

See discussions, stats, and author profiles for this publication at: /publication/260146007 Highly Universal DNA Barcoding Primers of ITS2 for Gymnosperms Article · ecember 2013 CITATION REA S 1 249 3 authors, including: Lian-Ming Gao Chinese Academy of Sciences 95 PUBLICATIONS 1,357 CITATIONS SEE PROFILE Some of the authors of this publication are also working on these related projects: Genetic iversity, Genetic Structure, Origins, omestication History and issamination Patterns of the Tea Plant View project Evolution and identification of yew tree View project All content following this page was uploaded by Lian-Ming Gao on 13 February 2014. The user has requested enhancement of the downloaded file. 植 物 分 类 与 资 源 学 报摇 2013,35 (6):751~760 Plant Diversity and Resources摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 DOI:10.7677/ ynzwyj201313190 裸子植物DNA条形码ITS2 高通用性引物的筛选* 1,2 3 1** 李摇 燕 , 吴摇 丁 , 高连明 (1 中国科学院昆明植物研究所生物多样性与生物地理学重点实验室, 云南 昆明摇 650201;2 云南省农业科学院 高山经济植物研究所, 云南 丽江摇 674100; 3 景德镇学院, 江西 景德镇摇 333000) 摘要: DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法, 理想的DNA条形码片段 应具有高通用性。 虽然核糖体DNA 内部转录间隔区II (ITS2) 被建议作为种子植物有效的DNA条形码, 但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。 为获得高通用性的ITS2引物, 本研究基于裸子植物55个属 的5.8S基因的保守序列区设计了3个正向引物, 与已有的ITS反向引物组合, 组成了7对ITS2 引物进行 通用性的评价。 选取了裸子植物8 目、 12科和40 属的56个种用于本文的研究。 引物组合5.8SR/ ITS4、 5.8SRa/ ITS4 和5.8SF2/ S3R 因为在科水平评价中通用性低或者产生的PCR产物有双带, 因而排除在全部 物种水平上进一步评价。 其余4 对引物 (GYM_5.8SF1/ ITS4、 GYM_5.8SF1/ S3R、 GYM_5.8SF2/ ITS4 和 S2F/ S3R) 在56个物种的PCR检测中, 均有100%的扩增率。 基于PCR产物的亮度、 序列质量和正反向 引物覆盖率的综合评价, 建议引物GYM_5.8SF2/ ITS4作为裸子植物条形码片段ITS2最好的通用引物。 关键词: DNA条形码; 裸子植物; ITS2; 引物通用性; 物种鉴定