营养基因组学数据库及生物统计和复杂数据分析-浙江大学教学.ppt

营养基因组学数据库 张咸宁 zhangxianning@zju.edu.cn Tel Office: A705, Research Building 2014/04 Required Reading 1．祁鸣，朱心强译：营养基因组学：发现通往个性化营养的途径 第十六、十七章，杭州：浙江大学出版社，2011年。 2．Kaput J, et al. Consensus statement understanding health and malnutrition through a systems approach: the ENOUGH program for early life. Genes Nutr.?2014; 9(1):378.? 生物数据库（Biobank） 合理地为每一个参与者收集和注释疾病和营养信息，为发现性生物库设计知情同意和程序，指导以遗传学为基础的生物库处理伦理道德规范、经费、知识产权分歧问题，以及挖掘医疗记录的复杂性，确保患者的信心，提供强大的样本处理与追踪及强有力的表型挖掘工具，分析基因型与表型间关系…… caBIG（cancer Biomedical Informatics Grid） 建立一系列以互用为目的的推荐规范或标准，为肿瘤研究团队提供基础科学和临床转化研究的国家信息交换平台。 个体化医疗（personalized medicine） 将某个个体的基因型与一系列临床及流行病学信息（包括饮食记录及营养相关内容）联系起来，能够为医疗的发现、预测和干预开辟新的道路。 美国西北大学基因库工程（NU基因） 一个以人群为基础的大型DNA库。 生物库的设计以及相关的信息与NIH的目标——将人类基因组序列转化成临床相关疾病信息，造福人类健康——一致。 NU基因将DNA样本集中收集和存储系统与广泛式知情同意相结合，使其通过电子病例的周期性数据更新对受试者的健康状况进行校正。目的是提供不同种族或民族不同疾病状况的人群样本及相关医学信息，以利于建立特定基因变体与疾病和治疗结果的相关性。相关数据可包括饮食和营养变量。 典型生物库的特征 知情同意与血液样本来自单一点源，尽管知情同意可能是一个多步骤过程。 知情同意使电子病例自动化和持续开发成为可能，包括支付记录及实验室检查结果。 数据收集表格来源于样本采集现场，或通过与一部分受试者进一步的联系及辅助研究获得。 收集血液样本并提取基因组DNA，再进行存储。 典型生物库的特征 DNA样本将被用于产生遗传基因信息，这些信息将会以DNA序列、SNP标记、单体型形式出现，这些信息是生物信息库的组成部分。 DNA提取过程的质量可被监控。 所有的样本处理，调研表格及知情同意表格均给予独立编号，受试者身份要予以保密，可追踪工作流程。 所有的试管，包括血液样本管、DNA提取过程所用管、DNA样本管、样本等分管、存储管都将被编码并进行位置跟踪以方便身份确认、审计跟踪及保证质量。 典型生物库的特征 从医疗卫生附属机构电子病历中自动获取临床、饮食的及流行病学相关信息变动。 自报信息资料收集表格可能同时包含普及性及临床为基础的信息。 受试者的实验室数据的自动获取及整合。 所有的数据获取将会历经清理和重新确认过程。确认过程排除了健康隐私信息，但将临床、账单、饮食和流行病数据与DNA样本相结合关联。这些信息将被保留，但已移除健康隐私信息。 对重新确认的信息进行关联性研究与分析。 典型生物库的特征 依据临床、流行病以及遗传信息选择样本及注释。保留样本注释，如有证据表明某些样本不具备或可能不具备某种条件，这些样本可用作对照。这种样本和注释的选择，其本质是对缺失临床数据的可能性估计。即如果一个特定病例仅有几项临床数据，很难排除该病例未患有某种疾病。相反，倘若支付或电子病历资料显示该个体已接受过初步治疗，且这些资料是若干年前记录的，则缺少诊断资料，表明该对象未患病。 一个特定的样本可能会带有其他来自辅助或后续研究的相关信息，这些信息根源都将进行追踪和审核。 典型生物库的特征 根据装载条形码或ID号，重新准确确认DNA样品与存储至生物库的基因型信息的一一对应。为了重新确立对应性，甚至对在生物库内的基因分型或测序同从工作流水线和审核处而来的样本作相同处理。 审查系统中任何数据的获取。 系统中任何数据的获取都需安全认证。 获取系统中任何数据都需经过注册，获取某一特定数据资料需该个体通过适当的身份认证。 典型生物库的特征 系统中的变量都有详细的元数据；这些变量可能来源于公共数据元件、系统限定的标准词汇（如NCI公司词汇系统、NCI caDSR、ICD-10、SNOMED、HL7）和其他