牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测.docVIP

牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测( （河北农业大学 生命科学学院，河北 保定 071001）摘要： 本研究利用RT-PCR和RACE方法克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列。生物信息学分析表明：该序列有8个外显子，含有一个最长645 bp的开放读码框，但没有发现与Kozak规则相匹配的起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性，尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明，牛Gtl2基因与羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测在线软件对牛Gtl2基因第一个外显子上游5000 bp的5′侧翼序列分析，得出了潜在的启动子区域，这些区域含有TATA，CAAT框和GC框，并存在一些转录因子结合位点，而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调有关。以上研究结果将为进一步分析该基因的生物学功能以及揭示其分子调控机制奠定了基础。 关键词： 牛Gtl2基因；生物信息学分析；启动子；转录因子结合位点 中国图书分类号 Q38，Q341 文献标识码A Sequencing analysis of bovine Gtl2 cDNA and promoter prediction SU Hong，HOU Xiao-hui，LI Shi-jieAbstract: In our study, we obtained the full length cDNA of bovine Gtl2 gene using the method of RT-PCR and RACE. The bioinformatic analysis revealed that 8 exons existed in the Gtl2 gene and the longest opening reading frame(ORF)of this gene is 645 bp. However, none of the ATGs is consistent with Kozak consensus sequence. Gtl2 gene is conserved among species, especially for exon 1. Phylogenetic tree analysis showed that the bovine Gtl2 gene shares the high identity to the sheep homology. Then we predicted the potential promoter with TATA-box, CAAT-box and GC box in 5′-Flanking sequence. The 5-flanking region contained many potential transcriptional factor binding sites and three CpG islands which might have an important effect on transcription activation and expression regulation. These results are essential to analyze the biological function and the molecular regulation mechanism of bovine Gtl2 gene. Key Words: bovine Gtl2 gene; bioinformatic analysis; promoter; transcription factor binding site 基因组印记genomic imprinting）是指来自双亲的等位基因依赖亲本特异性而导致单等位基因表达的一种非孟德尔遗传现象[]，具有这种现象的基因称为印记基因（imprinted gene）。父系等位基因不表达而母系等位基因表达的基因称为父源印记基因如果只表达父系等位基因，母系等位基因不表达的基因则称为母源印记基因。目前，在人和鼠中已经被鉴定的印记基因有多个[]，此外，在牛、羊和猪等家畜中也相继发现了印记基因[35]。哺乳动物印记基因大多数成簇存在，包含一个起顺式调控作用的DNA序列，称为印记控制中心(imprintingcontrolregion，ICR) 或差异甲基化区域DMRDifferential methylated region）[6]。大多数印记基因在调控胚胎发育和出生后的生长中起重要作用。 D-DIO3印记区域在人和鼠中研究的比较多，定位于小鼠12号染色体、人14号染色体及绵羊18号染色体上