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生物信息学课程习题 第一章 绪论 一、填空 1、在 年，美国国会批准启动人类基因组计划，拟用 年时间测定人类全部 条染色体上共 个碱基序列的测定。 2、 是遗传信息的携带者。 3、蛋白质三维结构测定主要方法有 和 。 4、理想的抗生素靶标应为微生物细胞 所必须，在病原体中高度 ，且在人体中 或与人类基因有 。 5、下图例举了一个计算机辅助药物设计的实例，从a图中我们得到了配体上R基团附近的受体上有 和 残基，具有 性，因此可以将R基团设计为 性基团，如图b中所示的 基团，使得抑制活性比改造前提高了近5000倍。 二、名词 HGP（human genome project），EST（expressed sequence tag）, SNP（single nucleotide polymorphism）, 生物信息学（Bioinformatics）， 药物基因组学（Pharmacogenomics），intron，“Junk DNA”，比较基因组学，蛋白质组学，分子进化树（evolutionary tree），基因组，基因组药物 三、简答 1、简述生物信息学在药物研究开发领域的应用可体现在哪些方面？ 2、如何利用基因组信息寻找新的药物作用靶标？ 3、如何利用人类基因组信息实现个性化治疗，其基于的原理是什么？ 4、试叙述基因芯片用于疾病诊断的原理，并说明其优缺点。 5、最近甲型流感流行，请设计甲型流感的分子诊断方法，说明其原理。 第二、三章 数据库 一、单选题 1、以下数据库不能用于检索核酸序列的是（ ） A. GenBank B. PDB C. EMBL D.DDBJ 2、蛋白质结构数据常保存为下面哪一种格式为后缀的文件（ ） A. PDB B. txt C. Seq D. mdb 3、下列格式属于FASTA格式的是 （ ） A. seq1 B. seq1 C. ATGCCATA D. ATGCCATA ATGCCATA ATGCCATA 二、填空题 1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义： LOCUS是 ，DEFINITION是 ， ACCESSION是 ，VERSION是 ，SOURCE是 在论文中使用了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填 。 2、阅读以下Prosite中结构基序的示例，说明其中各符号含义： － 连字符用来 。 [ ] 每个方括号中的残基代表序列基序中某一特殊位置 的残基。 { } 大括号中的符号代表序列基序中特定位置 的残基。 X 表示 。 (n) 代表某特定残基的 。 3、下面是NCBI中SARS病毒的基因组，请根据以下图说明SARS基因组有 个基因，编码 个蛋白。 4、检索蛋白质序列可使用哪个数据库，试举两例 、 。 5、检索蛋白质结构常使用 数据库。 6、根据以下检索结果说明该蛋白质结构在PDB数据库中的编号为 ，其结构测定方法为 。 三、名词 一级数据库，二级数据库，Genbank，UniGene，PDB，MMDB格式，EMBL，NCBI，结构浏览器，Rasmal，swiss-pdbviewer，Swiss-model，Prints数据库，Prosite数据库，BankIt，Cn3D，PIR数据库，SCOP数据库，CATH数据库 第四章 生物信息检索 一、填空题 1、请例举两个常用的搜索引擎 、 。 2、如果要搜索一个词组，如把人类基因组作为一个词组，搜索相关信息，应在搜索引擎的搜索栏中填入 。 3、写出以下pubmed检索时常用的限制字段的含义：[au] [