pubmed文献查询课件.ppt

文摘型数据库PubMed 检索方法与技巧;主要内容;创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI) 1996年1月开始向全球开放 特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。 ;NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) 目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 1988年11月4日成立 是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 ; NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具 ;生物数据库 永久数据的大的组织体 结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。 容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息 Entrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。 目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：;; NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具 ;Entrez 一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。 整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。 可以检索相关的序列，结构和参考文献。 BLAST 序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。 在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。 附加软件工具 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。;Entrez可以检索的数据库：;Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 PopSet，族群演化分析相关研究资料 Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 PubChem Compound，小分子化学物质结构 PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed，科学文献报导数据库 PubMed Central，科学文献数字全文数据库 Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene，人类unique基因序列数据库 UniSTS，unique序列卷标地址数据库;;;PubMed数据范围;PubMed简介——是什么？;PubMed数据范围;;;;;PubMed简介——是什么？;主要内容;1. 查文献：查找目的文献的文摘题录信息——书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年数据） 2. 找全文： 获得部分文献的全文——PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文 提供可以获得全文的网站和数据库链接——Linkout 3. 扩展阅读：提供相关文献链接——Related citations ;Pubmed小工具 跟踪某一领域的最新进展——Cubby（My NCBI) ;主要内容;1. 检索机制;;布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等;3. 检索方法;/pubmed;高级检索;;关键词、词(词组)或短语： ⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； ⑵ 带有双引号“ ”作为短语检索：“cancer therapy”； ⑶ 带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。 限制检索字段：如liver cancer[ti] 作者：Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au] 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 如：Joshua Lederberg ; 作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓