第十章 微生物分类、鉴定与命名.pptVIP

第十章 微生物的分类、鉴定及命名;1、生物界的分类;微生物分类的难题：;★从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，最后又有了三原界（或三总界）系统。 ★传统的、为多数学者所接受的是1969年魏塔克（R.H.Whittaker）在《Science》上提出的五界学说，它以纵向显示从原核生物到真核单细胞生物再到真核多细胞生物的三大进化过程。;利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese ;（1）古细菌原界（Archaebacteria) ，包括产甲烷细菌、极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌； （2）真细菌原界（Eubacteria) ，包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物； （3）真核生物原界（Eucaryotes），包括原生生物、真菌、动物和植物。 ;2、微生物分类学;;种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。;亚种(subspecies）或变种(variety)： 为种内的再分类。 当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。 变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为亚种。　 如：E.coli k12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.coli k12的亚种。 ;学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。 ①双名法： 学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份;例：大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919 金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884;◆菌株名称——在种名后面自行加上数字、地名或符号等，如： Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658 BF=北纺 Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌 ATCC＝American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心 ◆当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。 如：Escherichia coli 可缩写成 E.coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus ②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。 如： Bacillus thuringiensis subsp. galleria 苏云金芽孢杆菌腊螟亚种 ;形态结构、生理生化、少量的化石资料、行为习性，等等;蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化速率相对恒定，也就是说，分子序列进化的改变量(氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与分子进化的时间成正比。;RNA作为进化的指征;Eubacteria （真细菌界）;微生物;6、微生物分类鉴定的特征和技术;☆生理生化特征;常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种、亚种或菌株。;6.2 核酸的碱基组成和分子杂交;◆每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25--75%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。;◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子水平上判断物种的亲缘关系。;同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下；同属不同种的差别应低于10～15%；G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。;(2) 核酸的分子杂交;(3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析;《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology);《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey’s