沙门耐药基因PCR扩增引物.docVIP

1 沙门氏菌总DNA和质粒的提取 选择培养18h的菌液，采用天根生化科技有限公司细菌基因组DNA提取试剂盒和质粒小提试剂盒提取。 2 多重PCR优化条件设计 Mix、引物浓度、退火温度设置梯度浓度进行优化 3 耐药基因 3.1 β-内酰胺类 blatem blapse 四环素类 tetC 515 GCTGTAGGCATAGGCTTGGTTA CGCTCTCCCTTATGCGACTC tetD 256 GTTGCGGCTTCGGTAGTGG CTGCGCTTTCTTGTTTCTCGT tetE 821 CGGCGTTATTACGGGAGTTT CCAGCTTTGTGTAATGACCGC tetG 761 CTGCTGATCGTGGGTCTTGA GCTTGGAAGATCGCATGTGTT flor 779 GGTGATTTTTGGTCCGCTCTC CGGACACCGTGAAGACAATACC 氯霉索类 cmlA 351 GCTGCTACTCCCCGTTAAGTG GCGACACCAATACCCACTAGC catI AACATTTTGAGGCATTTCAGTCA ACCTTGTCGCCTTGCGTATAAT β-内酰胺类 blatem 629 CAACATTTTCGTGTCGCCCT TTATCCGCCTCCATCCAGTCT Blapse 449 GCGTGCTTCGCAACTATGACT GCCATTGAAGCCTGTGTTTGA aacC4 333 ATGACCTTGCGATGCTCTATGA TGAACAGCAACTCAACCAGAGC aadA 1 809 GGCAGTCGCCCTAAAACAAA ACCTTGGTGATCTCGCCTTTC aadA2 655 CCTGAAGCCATACAGCGATATT CTTGATGATCTCGCCTTTCACA 氨基糖苷类 aadB 502 GGACACAACGCAGGTCACATT ACGCAAGACCTCAACCTTTTC aadD 260 CGTGTCGTTCTGTCCACTCCT GCAAGGACCGACAACATTTCTA aac(3)-Ia 897 AAGTATGGGCATCATTCGCAC CAATGACGCTTAGCACCTCTGA aph (3)-IIa 437 TCGTCATCAAAATCACTCGCA TATGGGTATAAATGGGCTCGC aacC2 729 TGCCTCACTTAAAGCGATTGG GCTCCGAAGTGCTTCTCAAGA 试剂 使用量(uL) Buffer MIX（已加MgCl2） 3.0 dNTPs(2.5mmol/L) 2 引物1（10umol/L） 0.5 引物2（10umol/L） 0.5 Taq 酶（5u/uL） 0.25 模板 0.5 PCR扩增条件 95℃ 5min 94℃ 30s 60℃ 30s 35 72℃ 30s 72℃ 10min 安徽省部分猪场生猪沙门氏菌带菌情况与耐药性研究 （动物源沙门氏菌耐药性及质粒介导喹诺酮类耐药基因的流行病学研究） 沙门氏菌invA基因的PCR鉴定[66] 引物F：AGC CGC TCA GTA TTG AGG 引物R：GTT GTA CCG TGG CAT GTC TG 质粒介导喹诺酮类耐药基因 qnrA 516 [81] qnrA-F ATTTCTCACGCCAGGATTTG qnrA-R GATCGGCAAAGGTTAGGTCA qnrB 469 （qnrB2亚型基因序列号：EU643617）[81] qnrB-F GATCGTGAAAGCCAGAAAGG qnrB-R ACGATGCCTGGTAGTTGTCC qnrS 417 [81] qnrS-F ACGACATTCGTCAACTGCAA qnrS-R TAAATTGGCACCCTGTAGGC qnrC 447 [24] qnrC-F GGGTTGTACATTTATTGAATC qnrC-R TCCACTTTACGAGGTTCT qnrD 468 [23] qnrD-F TTACGGGGAATAGAGTTA qnrD-R AATCAGCCAAAGACCAAT aac (6′)-Ib 482 [82] aac(6′)-Ib-F TTGCGATGCTCTATGAGTGGCTA aac(6′)-Ib-R CTCGAATGCCTGGCGTGTTT qepA 570 [83] qepA-F CCAGC