分子动力学方法与计算机模拟.pptVIP

对势 1.Lennard-Jonse(L-J)势 适合描述惰性气体 2.Born-Maye势 主要处理离子晶体 3.Morse 描述金属固体 4.Johnson 描述金属固体 描述金属、合金的EAM、MEAM势 1.嵌入原子势（EAM） 2. Finis和Sinclair势 3. Johnson分析型的EAM势 4. 修正嵌入原子法（MEAM） 系宗原理 Josiah Willard Gibbs,1839-1903 系宗(Ensemble) 是统计力学的一个概念，它是1901年吉布斯创立完成的，分子动力学所研究的是多粒子系统，但是受限于计算机内存和计算速度的限制，模拟的系统粒子数是有限的，但是统计物理的规律仍然成立，因此计算模拟的多粒子体系用统计物理规律来描述。 系宗是一个巨大的系统，由组成、性质、尺寸和形状完全一样的全体体系构成、数目极多的系统集合。其中每个系统各处在某一微观运动状态，而且各自是独立的。微观运动状态在相空间构成一个连续的区域，与微观量相对应的宏观量是在一定宏观条件下所有可能运动状态的平均值。 根据研究对象的特性，主要的系宗有微正则系宗、正则系宗、等温等压系宗、等压等焓系宗等 微正则系宗 微正则系宗，又称NVT系宗，它是孤立的、保守系统的统计系宗。在这种系宗中，体系与外界不交换能量，体系的粒子数目守恒，体系的体积也不发生变化，体系沿着相空间的恒定能量轨道演化。 正则系宗 在热力学统计物理中正则系宗是一个粒子数为N、体积为V，温度为T和总动量为守恒量的系宗，在这个系宗中系统的粒子数N，体积V和温度T都保持不变，并且总动量为零。在恒温下，系统的总能量不是一个守恒量，系统要与外界发生能量的交换。 恒温分子动力学方法原理图 等温等压系宗 等温等压系宗，即NPT系宗，就是系统处于等温、等压的外部环境下的系宗，在这种系宗下，体系的粒子数(N)、压力(P)和温度(T)都保持不变。 恒压分子动力学方法原理图 等压等焓系宗 等压等焓系宗，即NPH系宗，就是保持系统的粒子数(N)、压力（P）和焓值(H)都不变，系统的焓值H为 H=E+PV 分子动力学模拟的基本步骤 THE END ！ 分子动力学方法和计算机模拟 彭 平 Molecular Dynamics method Computer simulation  什么是分子动力学 分子动力学（MD）模拟就是用计算机方法来表示统计力学，作为实验的一个辅助手段，它用来研究不能用解析方法来解决的复合体系的平衡性质和力学性能，用来搭建理论和实验的桥梁. 分子动力学方法是一种确定性方法，是按照该体系的内部的内禀动力学规律来确定位行的转变，跟踪系统每个粒子个体的运动；然后根据物理规律给出微观量(分子的坐标、速度)与宏观可测量（温度、压力、比热容、弹性模量等）的关系来研究材料性能的一种方法。 分子动力学的发展历史 1957-1959年 Alder 和waiwright提出并用于理想“硬球”液体模 型 1963年 Rahman 采用连续势模型研究了分子动力学模拟 1967年 Verlet 给出了著名的Verlet算法 1980年 Anderson做了恒压状态下的分子动力学研究，同年 Hoover对非平衡态的分子动力学进行了研究 1981年 Parrinello和Rahman给出了恒定压强的分子动力学模型 1984年 Nosé提出恒温分子动力学方法 1985年 Car和Parrinello 提出第一性原理分子动力学方法 1986 年至今 分子动力学方法得到了长足的发展，已经成为物理学、化学、材料科学、生物学与制药研究必不可少的工具 分子动力学的基本思想 经典力学定律 分子动力学中处理的体系的粒子遵从牛顿方程，即 式中 是粒子所受的力， 为粒子的质量， 是原子i的加速度.原子i所受的力 可以直接用势能函数对坐标的一阶导数，即 ，其中U为势能函数 因此对N个粒子体系的每个粒子有 分子动力学方法工作框图 相互作用 温度、压力 运动方程式 原子坐标位置 三维结构 原子的坐标，速度 动力学性质 原子的运动 热力学性质 （输入信息） （输出信息） （二次信息） 分子动力学的主要技术概要 启动计算 设定坐标、速度的初始值 t+Δt 计算作用于原子上的力Fi 计算物理量并对其结果进行统计处理 结束 ttmax Y N 时间更新回路 分子动力学运行流程图