实验六动态规划算法比对序列.docxVIP

#!/usr/bin/perl -wprint老师，这个作业，我交了三次。以这次为准哈。之前的逻辑上或者语法上或多或少有些问题\n具体结果如下：\n;$seq1=YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNIMELMD;$seq2=IGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVIKNMITGAAQMDGAILVVAGTDGPMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDIALLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNALNEKAIMELMDAVDDYIP;@seq1=split(//,$seq1);@seq2=split(//,$seq2);#定义罚分规则$match=1;$dismatch=0;$gap=-1;#打分矩阵第一列和第一行赋值#$score[0][0]={0};$len1=(@seq1);$len2=(@seq2);#横着赋值for $i(0..$len1){$score[0][$i]=-$i;}#竖着赋值for $j(0..$len2){ $score[$j][0]=-$j;}#填充得分矩阵的其他位置for $i(1..$len1){ $letter2=$seq2[$i-1];for $j(1..$len2) { $letter1=$seq1[$j-1];if($letter1 eq $letter2) #路线斜着走（要么匹配，要么容忍）{ $diagonal=$score[$i-1][$j-1]+$match;}else{ $diagonal=$score[$i-1][$j-1]+$dismatch;} $up=$score[$i-1][$j]+$gap;#路线竖着走 $left=$score[$i][$j-1]+$gap;#路线横着走#比较四种情况的最优得分if($diagonal=$up){if($diagonal=$left){ $score[$i][$j]=$diagonal; $trace[$i][$j]=1;}else{$score[$i][$j]=$left; $trace[$i][$j]=2;}}else{if($up=$left){$score[$i][$j]=$up;$trace[$i][$j]=3;}else{$score[$i][$j]=$left;$trace[$i][$j]=2;}} }}print 最高得分为$score[$i-1][$j-1]\n;#在得分矩阵中，找到最优路径的标记，从而找到最优路径$j = @seq1;$i = @seq2;$k = 0;#@align1;#@align2;while(1){if($i 0 $j 0) {if($trace[$i][$j] ==1){ $align1[$k] = $seq1[$j-1]; $align2[$k] = $seq2[$i-1]; $k++; $j--; $i--;next; }elsif($trace[$i][$j] == 2) { $align1[$k] = $seq1[$j-1]; $align2[$k] = -; $k++; $j--;next; }elsif($trace[$i][$j] == 3) { $align1[$k] = -; $align2[$k] = $seq2[$i-1]; $k++; $i--;next; } }elsif($i==0$j!=0) { $align2[$k] =$seq1[$j-1]