土壤微生物多样性试验研究方法概述.pdfVIP

DOI:10.13758/j.cnki.tr.2004.04.003 土 壤 (Soils), 2004, 36 (4): 346~350 土壤微生物多样性实验研究方法概述 章家恩 蔡燕飞 高爱霞 朱丽霞 （华南农业大学热带亚热带生态研究所 广州 510642 ） 摘 要 对有关土壤微生物多样性，包括微生物类群多样性、群落结构多样性、功能多样性以及基因多样 性等的描述与表征方法进行了探讨，同时，对当前国内外土壤微生物多样性的一些实验研究方法，包括土壤微生 物分离培养方法、Biolog 微平板方法、FAME 分析方法和分子生物学方法等进行了介绍和评述。并指出在土壤微 生物多样性研究中，如果可能的话，需要将各种方法结合起来使用，方可得到有关土壤生物多样性的较为全面的 信息和理解。 关键词 土壤微生物；生物多样性；FAME；Biolog ；PCR 中图分类号 Q938.1；S154.36 生物多样性是当今国际上共同关注的问题，它 微生物类群―细菌、真菌和放线菌3 大类群的数量 也因此日益成为学术界的热点研究领域之一。目前 及其比例组成来描述；(2)从微生物的代谢功能与生 在地上部植物和动物的多样性方面开展了大量的研 物活性来描述，主要包括土壤微生物呼吸、土壤酶 究，但对土壤生物多样性，特别是在土壤微生物多 活性、能量代谢类型、土壤微生物生物量等；(3)从 样性方面的研究仍较薄弱。其中一个重要的原因就 分子水平来研究微生物群落结构的多样性，如从土 是在土壤微生物多样性的研究方法方面还存在着较 壤微生物 DNA 基因多态性，以及微生物细胞膜内 大的困难和缺陷，很多方法还不能全面地、准确地 磷脂类化合物数量和种类的多样性来描述；(4)从某 研究土壤微生物多样性状况。为此，本文对当前国 一类群或者优势微生物种类组成及其数量来研究土 内外土壤微生物多样性研究方法进行概述，旨在为 壤微生物多样性，如对土壤中的固氮菌、根瘤菌、 相关研究提供一些参考。 菌根菌、产甲烷细菌等的多样性进行研究[2] 。 1 土壤微生物多样性的表示方法 2 土壤微生物多样性的实验研究方法 生态学意义上的“生物多样性”是指生物与环境 土壤微生物多样性的实验研究方法很多，从国 形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的 内外目前采用的方法来看，大致上包括以下几类： 总和，一般包括遗传多样性、物种多样性和生态系 （1）传统的微生物平板纯培养方法；（2 ）Biolog 微 统多样性3 个层次[1] 。生物多样性通常用“多样性指 平板分析方法；（3 ）脂肪酸分析方法；（4 ）分子生 数”来表示。生物 （物种）多样性指数的计算一般需 物学方法；（5 ）其他方法，如用于微生物生物量测 要知道群落中物种的种数以及各物种的个体数等相 定的氯仿熏蒸方法（Fumigation-incubation ）、底物 关的信息。对于土壤微生物，由于方法上的限制和 诱导呼吸法(Substrate-induced respiration)和光合微 微生物自身的变异性，目前还不可能将土壤中的全 生物色素法等等；用于测定土壤C 矿化速率和微生 部微生物培养出来，而且对于土壤微生物种属的鉴 物呼吸强度等方法；用于测定土壤酶活性分析方法； 定分类也是一件不易的工作。因此，在实际研究中， 用于土壤微生物形态鉴定的方法；用于测定微生物 通常从某一侧面或某一角度来近似或间接地描述土 能量代谢的分析方法；用于测定微生物对土壤养分 壤微生物的多样性状况。 利用与转化功能的同位素示踪法；以及以荧光为基 用以研究和描述土壤微生物多样性状况的相关 础的显微技术，