Clustalx实验报告.docVIP

生物信息学I实验课报告（2） 学号 1130340108 姓名 刘一稷 实验时间 15.11.24 成绩 实验题目 利用ClustalX（W)进行多序列联配 指导教师 马琳 实验目的与要求 掌握用Clustal X(W)工具及其基本参数，对具有一定同源性和相似性的核酸与蛋白质序列进行联配和聚类分析，由此对这些物种的亲缘关系进行判断，并且对这些序列在分子进化过程中的保守性作出估计。 实验原理： 首先对于输入的每一条序列，两两之间进行联配，总共进行n*（n-1）/2次联配，这一步是通过一种快速的近似算法实现的，其得分用来计算指导树，系统树图能用于指导后面进行的多序列联配的过程。 实验内容 1．明确软件所支持的输入文件格式，对于给定的四个数据集合整理出合适的数据； 2．在windows环境运行Clustal X，以一个数据集合为例给出Clustal X软件处理数据功能及结果 3. 给出其他三个数据集合比对的最终结果 实验报告 1．Clustalx是多条序列比对软件，为什么需要设置两条序列比对的参数？ Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的，它先将所有序列两两比对，然后根据两两比对结果构建指导树，再根据指导树依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入。举例：A、B、C三条序列比对。其实就是A和B比、A和C比、B和C比，同理n条多序列比对就是做Cn2次两序列比对，因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对，也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对。那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时的规则就可以了。所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所必需的。 利用entrez或srs搜索来自于不同物种的同源序列(othologs)，利用clustalX进行比对，给出所选序列简要信息（fasta格式第一行），比对所用的参数，比对过程中产生的guide tree（dnd文件）,并分析比对结果（序列之间相似度关系，保守位点所在位置等）。 所选序列简要信息： gi|4506145|ref|NP_002760.1| trypsin-1 preproprotein [Homo sapiens] giref|NP_002762.2| trypsin-3 isoform 2 preproprotein [Homo sapiens] gi|114624445|ref|XP_001155576.1| PREDICTED: similar to trypsinogen IV b-form [Pan troglodytes] giref|NP_777115.1| protease, serine, 2 [Bos taurus] gi|6678439|ref|NP_033456.1| protease, serine, 2 [Mus musculus] gi|6981420|ref|NP_036767.1| pancreatic trypsin 1 [Rattus norvegicus] giref|NP_990715.1| protease, serine, 2 [Gallus gallus] giref|NP_955899.1| hypothetical protein LOC322453 [Danio rerio] gi|158298970|ref|XP_319102.4| AGAP009966-PA [Anopheles gambiae str. PEST] 参数设置 Pairwise Alignment Parameters Multiple Alignment Parameters 输出格式选项 结果输出序列比对结果 系统发育树 结果分析 从构建的系统发育树上可以看出Homo sapiens（智人）、Pan troglodytes（黑猩猩）、Bos taurus（黄牛）、Mus musculus（家鼠）、Rattus norvegicus（褐家鼠）、Gallus gallus（红原鸡）、Danio rerio（斑马鱼）、Anopheles gambiae str. PEST（冈比利亚按蚊）的trypsin(胰蛋白酶)序列在系统发育上具有同源性。Trypsin在发育的亲缘距离上又可以分成三个部分，其中Homo sapiens的trypsin-1 preproprotein、trypsin-3isoform 2 preproprotein、Pan troglodytes和Bos taurus的进化距离较近，但是人的trypsin-3 isoform 2 preproprotein和trypsin-1 preproprotein之间进