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曙光 6000 超级计算机使用手册
系统运行部
2012 年12 月12 日
目录
一、 基本环境
二、 系统软件环境
2.1 操作系统 5
2.2 作业调度系统 5
2.3 编译器和并行实现 5
2.4 数学库 6
三、 使用方法
3.1 登录和传输文件 8
3.2 编译 12
3.3 作业提交 13
3.4 作业管理 23
附件A.常用的作业提交模板
1. 普通串行计算 25
2. 普通MPI 并行作业 25
3. 多个计算步骤的计算脚本 25
4. 共享内存并行作业 26
5. 4. OpenMP+MPI 混合并行作业 26
附录B ：商用软件使用方法
1. Fluent 软件 28
2. ANSYS 软件 30
3. CFX 软件 33
4. ABAQUS 软件 35
5. MARC 软件 37
6. NASTRAN 软件 39
7. LSDYNA 软件 41
8. DYTRAN 软件 43
1
9. ADF 软件 45
10. HFSS 软件 47
2
国家超级计算深圳中心采用由中科院和曙光公司联合研制
的曙光 6000 超级计算系统，该系统整体计算能力实测峰值为
1.271 千万亿次浮点运算（1.271PFLOPS ）。于2011 年 11 月 16
日投入运行。本文主要介绍曙光6000 超级计算系统的使用方法
和环境。
一、基本环境
为了方便管理和使用，曙光 6000 超级计算系统高性能计算
区分成 5 个逻辑分区，分别为科学计算分区（GK ）、工程计算分
区（GG ）、生命科学计算 （GS ）、胖节点分区（Fn ）以及龙芯计算
分区（Lx ）。其中GK、GG、GS 分区的每个计算节点由2 颗Intel5650
六核心处理器组成、主频 2.66GHz,配置 24GB DDR3 内存以及 1
块Nvidia C2050 GPGPU 卡，一块本地 149G 的 SAS 硬盘，一块
QDR IB 子卡。胖节点分区 （Fn ）共配置128 台4 路A840 SMP 计
算节点，每个计算节点配置 4 颗 AMD 6136 八核心处理，主频
2.4GHz，内存128GB。龙芯分区（Lx ）共配置320 台龙芯节点，
每个节点配置1颗AMD64 双核CPU 和8颗龙芯处理器，20G 内存，
1 块DDR IB 网卡。
曙光6000 超级计算主机系统的存储分为两种：每个计算节
点配备的本地磁盘；由存储节点建立的高速并行文件系统。其中
本地硬盘严禁普通用户使用，仅供计算节点操作系统使用，用户
的所有操作都应该在账号所对应的$HOME （该$HOME 所在的位置
为高速并行文件系统）下进行，用户登录时，会自动被引导到自
3
己账号的$HOME 下面。鉴于存储空间的有限和数据安全的考虑，
请用户务必做到及时下载计算结果文件并清理空间。
用户可以使用VPN 进入登录节点，该登录节点主要用于登录
超算内网、使用LSF 作业调度系统提交作业，禁止在登录节点运
行程序、编译及数据上传下载。
4
二、系统软件环境
2.1 操作系统
计算节点和前端接入节点的操作系统均为64 为SuSE Linux
Enterprise Server(SLES)11SP1，提供标准的64 位Linux 操作
系统环境。用户需要熟悉一些基本的Linux 命令行操作，特别是
文件目录操作，
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