基于minimum+cuts的蛋白质交互识别分析.pdfVIP

第27卷摇 第6期 计 算机 技 术 与发 展 Vol.27摇 No.6 2017年6月 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 COMPUTERTECHNOLOGY AND DEVELOPMENT摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 June摇 2017 基于Minimum Cuts 的蛋白质交互识别 张摇 景,吴红梅,牛摇 耘 (南京航空航天大学计算机科学与技术学院,江苏 南京 210016) 摘摇 要:蛋白质交互信息对生物、医药研究有着重要意义,是生物医学领域一项重要的研究内容。 对基于大规模语料库的 蛋白质交互识别,直接利用已有的PPI数据库,能显著降低人工标注的代价。 为此,在大规模语料库的基础上,提出了基于 Minimum Cuts的蛋白质交互识别方法。 在关系相似性框架下,Minimum Cuts分类器不仅采用SVM算法对单个蛋白质对进 行初步分类预测,还利用蛋白质对之间的相似性约束判断结果,使分类结果更加准确。 实验结果表明,利用Minimum Cuts 分类器进行PPI 的识别结果优于SVM分类器的识别结果。 当训练数据为20%时,Minimum Cuts分类器的识别结果优于训 练数据为80%时的SVM分类器的识别结果。 关键词:关系相似性;Minimum Cuts;支持向量机;蛋白质交互 中图分类号:TP391摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文献标识码:A摇 摇 摇 摇 摇 摇 文章编号:1673-629X(2017)06-0017-05 doi:10.3969/j.issn.1673-629X.2017.06.004 Identification of Protein-protein Interaction with Minimum Cuts ZHANG Jing,WU Hong-mei,NIU Yun (School of Computer Science and Technology,Nanjing University of Aeronauticsand Astronautics,Nanjing210016,China) Abstract:Protein-Protein Interaction (PPI)information is significant for biological and medical research,and isan important content in biomedicine field.The recognition ofPPIwith large-scalecorpuscan significantlyreducethecost ofmanualannotationby directlyusing the existing PPI database.Therefore,a method for PPI with Minimum Cutsbased on thelarge-scalecorpushasbeenproposed.Based on the frameworkofrelationalsimilarity,MinimumCutsclassifiernotonlyusesSVMtopredicttheclassificationinitiallyofasingleprotein, but also makesuse of the similarity between the protein pairsto determine the resultswhich are more accurate.The experimental results show that the MinimumCutsclassifierisbetterthantheSVMclassifierfortherecognitionofPPI.Whenthetrainingdatais20%,therec鄄 ognition