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第第44章：进化树构建的概率方法章：进化树构建的概率方法 • 问题介绍问题介绍 • 进化树构建方法的概率方法进化树构建方法的概率方法 部分部分Slidlides修改自修改自Uniiversiity off Basell的的Miichhaell Spriingmann 课程“CS302 Seminar Life  Science Informatics”的讲义 PhylogeneticPhylogenetic TreeTree branch internal node leaf • Topology: bifurcating – Leaves ‐1…N – Internal nodes N+1…2N-2 • Branch length MolecularMolecular ClockClock HypothesisHypothesis • AmountAmount ofof geneticgenetic differencedifference betweenbetween  sequences is a function of time since  separationseparation. • Rate of molecular change is constant (enough)  to predict times of divergence LikelihoodLikelihood ofof aa TreeTree • Given: – n aliggned seqquences M= X ,,…,,X 11 nn – A tree T, leaves labeled with X ,…,X 1 n • RReconsttructition t*t*: – Labeling of internal nodes – Branch lengths GoalGoal:: FindFind optimaloptimal reconstructionreconstruction tt* :: OneOne  maximizing the likelihood P(M|T, t*) Probbabbillistic Methhodds • The phylogenetic tree represents a generative  pprobabilistic model ((like HMMs)) for the observed  sequences. • Backgground pprobabilities: q(q(a)) • Mutation probabilities:  P(a|b, t) • ModelsModels forfor evolutionaryevolutionary mutationsmutations – Jukes Cantor – KimuraKimura 22‐parameterparameter modelmodel • Such models are used to derive the probabilities 5 ProbabilisticProbabilistic ModelModel • Assumptions: –– EachEach charactercharacter isis independentindependent – The branching is a Markov process: The  probability that a node x has